Question

所以，我有一个看起来像这样的文件：

# 3e98.mtz MR_AUTO with model 200la_.pdb
SPACegroup HALL P 2yb #P 1 21 1
SOLU SET RFZ=3.0 TFZ=4.7 PAK=0 LLG=30
SOLU 6DIM ENSE 200la_ EULER 321.997 124.066 234.744 FRAC -0.14681 0.50245 -0.05722
SOLU SET RFZ=3.3 TFZ=4.2 PAK=0 LLG=30
SOLU 6DIM ENSE 200la_ EULER 329.492 34.325 209.775 FRAC 0.70297 0.00106 -0.24023
SOLU SET RFZ=3.6 TFZ=3.6 PAK=0 LLG=30
SOLU 6DIM ENSE 200la_ EULER 177.344 78.287 187.356 FRAC 0.04890 0.00090 -0.57497

迭代此文件并仅提取浮点数的最佳方法是什么？

在这种情况下，“最佳”方案是仅提取类似于“321.997”的数字（它们是病毒细胞结构坐标）并将它们添加到列表中。在我看的每个文件中，每行有6个数字。在我提取这些数字之后，我可以在我已编写的方法中使用该列表来计算用于旋转单元结构以匹配数据集中其他数据的新坐标。

Answer 1

这是一种方式。

def floats( aList ):
    for v in aList:
        try:
            yield float(v)
        except ValueError:
            pass

a = list( floats( [....] ) )

Answer 2

floats = []
all = ['#', '3e98.mtz', 'MR_AUTO', 'with', 'model', '200la_.pdb', 'SPACegroup', 'HALL', 'P', '2yb', '#P', '1', '21', '1', 'SOLU', 'SET', 'RFZ=3.0', 'TFZ=4.7', 'PAK=0', 'LLG=30', 'SOLU', '6DIM', 'ENSE', '200la_', 'EULER', '321.997', '124.066', '234.744', 'FRAC', '-0.14681', '0.50245', '-0.05722', 'SOLU', 'SET', 'RFZ=3.3', 'TFZ=4.2', 'PAK=0', 'LLG=30', 'SOLU', '6DIM', 'ENSE', '200la_', 'EULER', '329.492', '34.325', '209.775', 'FRAC', '0.70297', '0.00106', '-0.24023', 'SOLU', 'SET', 'RFZ=3.6', 'TFZ=3.6', 'PAK=0', 'LLG=30', 'SOLU', '6DIM', 'ENSE', '200la_', 'EULER', '177.344', '78.287', '187.356', 'FRAC', '0.04890', '0.00090', '-0.57497']
for element in all:
    try:
        floats.append(float(element))
    except ValueError:
        pass

Answer 3

def is_float(i):
        try:
            float(i)
            return True
        except ValueError:
            return False


L=['#', '3e98.mtz', 'MR_AUTO', 'with', 'model', '200la_.pdb', 'SPACegroup', 'HALL', 'P', '2yb', '#P', '1', '21', '1', 'SOLU', 'SET', 'RFZ=3.0', 'TFZ=4.7', 'PAK=0', 'LLG=30', 'SOLU', '6DIM', 'ENSE', '200la_', 'EULER', '321.997', '124.066', '234.744', 'FRAC', '-0.14681', '0.50245', '-0.05722', 'SOLU', 'SET', 'RFZ=3.3', 'TFZ=4.2', 'PAK=0', 'LLG=30', 'SOLU', '6DIM', 'ENSE', '200la_', 'EULER', '329.492', '34.325', '209.775', 'FRAC', '0.70297', '0.00106', '-0.24023', 'SOLU', 'SET', 'RFZ=3.6', 'TFZ=3.6', 'PAK=0', 'LLG=30', 'SOLU', '6DIM', 'ENSE', '200la_', 'EULER', '177.344', '78.287', '187.356', 'FRAC', '0.04890', '0.00090', '-0.57497']
print filter(is_float,L)

Answer 4

如果您以不鼓励回答者检查其结构的方式显示您的输入，并且您提出诸如“我如何仅提取浮点数”之类的问题，并隐藏诸如“在我正在查看的每个文件中的有用信息” ，每行中都有6个这样的数字“在评论中，你会得到完全符合你要求的下意识的答案：包含3个虚假数字（1.0,21.0和1.0）的”浮动“列表位于列表的前面。

如果您以稍微更合适的方式显示数据，例如：

alist = [
    '#', '3e98.mtz', 'MR_AUTO', 'with', 'model', '200la_.pdb', 'SPACegroup', 'HALL', 'P', '2yb',
    '#P', '1', '21', '1', 
    'SOLU', 'SET', 'RFZ=3.0', 'TFZ=4.7', 'PAK=0', 'LLG=30', 'SOLU', '6DIM', 'ENSE', '200la_',
        'EULER', '321.997', '124.066', '234.744', 'FRAC', '-0.14681', '0.50245', '-0.05722',
    'SOLU', 'SET', 'RFZ=3.3', 'TFZ=4.2', 'PAK=0', 'LLG=30', 'SOLU', '6DIM', 'ENSE', '200la_',
        'EULER', '329.492', '34.325', '209.775', 'FRAC', '0.70297', '0.00106', '-0.24023',
    'SOLU', 'SET', 'RFZ=3.6', 'TFZ=3.6', 'PAK=0', 'LLG=30', 'SOLU', '6DIM', 'ENSE', '200la_', 
        'EULER', '177.344', '78.287', '187.356', 'FRAC', '0.04890', '0.00090', '-0.57497'
    ]

有可能人们会注意到结构（EULER后跟三个数字，然后是FRAC，然后是三个数字）重复，然后去“Oho，他的文件中每行六个数字”，然后回来一些更有用的建议，比如：

从头开始，告诉我们你的文件结构是什么。获取信息的方法可能比将文件粉碎成字符串列表然后尝试从中恢复更好。

更新与此同时，这里有一个答案，它使用了数据和注释中明显的结构，并且如果结构存在差异，则可以更加调试：

TAG0 = 'EULER'
TAG1 = 'FRAC'

def extract_rows(tokens):
    pos = 0
    while True:
        try:
            pos = tokens.index(TAG0, pos)
        except ValueError:
            return
        assert pos + 8 <= len(tokens)
        assert tokens[pos+4] == TAG1
        yield (
            tuple(map(float, tokens[pos+1:pos+4])),
            tuple(map(float, tokens[pos+5:pos+8])),
            )
        pos += 8

for rowx, row in enumerate (extract_rows(alist)):
    print rowx, 'TAG0', row[0]
    print rowx, 'TAG1', row[1]

结果：

0 TAG0 (321.99700000000001, 124.066, 234.744)
0 TAG1 (-0.14681, 0.50244999999999995, -0.05722)
1 TAG0 (329.49200000000002, 34.325000000000003, 209.77500000000001)
1 TAG1 (0.70296999999999998, 0.00106, -0.24023)
2 TAG0 (177.34399999999999, 78.287000000000006, 187.35599999999999)
2 TAG1 (0.048899999999999999, 0.00089999999999999998, -0.57496999999999998)

更新2 根据您的示例文件，以下简单代码（未经测试）应该执行您想要的操作：

for line in open('my_file.txt'):
    row = line.split()
    if row[0] == 'SOLU' and row[1] == '6DIM' and row[4] == 'EULER' and row[8] == 'FRAC':
        euler = map(float, row[5:8])
        frac = map(float, row[9:12])
        do_something_with(euler, frac)

注意：您所寻找的是“所有浮点数”（无论如何都会忽略RFZ=3.0 TFZ=4.7中的浮点数），这只是巧合！）。你所拥有的是一个带有STRUCTURE的文件：两种类型的SOLU记录，你想要在SOLU 6DIM记录中出现在EULER之后的3个数字和FRAC之后的3个数字。您不需要所有这些数字的列表，并且必须将它们再次拆分为（3个EULER数字和3个FRAC数字）乘以N.

如何从Python中的文件中提取浮点数？

4 个答案: