包含Rcpp.h时未定义的引用错误

时间:2014-04-09 09:57:01

标签: c++ r g++ rcpp include-path

我正在使用64位Ubuntu,我正在尝试编写C ++。

我发现如果我使用#include <Rcpp.h>,我甚至不需要调用R命名空间中的任何函数,我就会收到未触发的引用错误:

obj/x.o: In function `Rcpp::Rstreambuf<true>::xsputn(char const*, long)':
/usr/local/lib/R/site-library/Rcpp/include/Rcpp/iostream/Rstreambuf.h:61: undefined reference to `Rprintf'
obj/x.o: In function `Rcpp::Rstreambuf<false>::xsputn(char const*, long)':
/usr/local/lib/R/site-library/Rcpp/include/Rcpp/iostream/Rstreambuf.h:65: undefined reference to `REprintf'
obj/x.o: In function `Rcpp::Rstreambuf<true>::overflow(int)':
/usr/local/lib/R/site-library/Rcpp/include/Rcpp/iostream/Rstreambuf.h:70: undefined reference to `Rprintf'
obj/x.o: In function `Rcpp::Rstreambuf<false>::overflow(int)':
/usr/local/lib/R/site-library/Rcpp/include/Rcpp/iostream/Rstreambuf.h:74: undefined reference to `REprintf'
obj/x.o: In function `Rcpp::Rstreambuf<true>::sync()':
/usr/local/lib/R/site-library/Rcpp/include/Rcpp/iostream/Rstreambuf.h:79: undefined reference to `R_FlushConsole'
obj/x.o: In function `Rcpp::Rstreambuf<false>::sync()':
/usr/local/lib/R/site-library/Rcpp/include/Rcpp/iostream/Rstreambuf.h:83: undefined reference to `R_FlushConsole'

我安装了r-base和r-base-dev。我通过以root身份运行R来安装Rcpp并执行了install.package("Rcpp")

我使用带有-I/usr/local/lib/R/site-library/Rcpp/include

的g ++编译C ++程序

我在这里缺少什么?感谢您的回复。

2 个答案:

答案 0 :(得分:2)

仅提取Rcpp标头是不够的。您还需要R标头并链接到R的库。你可以用例如R CMD SHLIB为你做这件事。

但是,我建议你:

  • 创建一个包含LinkingTo: Rcpp等的包...(请参阅Rcpp的文档)。
  • sourceCpp文件中使用.cpp。请参阅?sourceCpp

答案 1 :(得分:0)

正如罗曼·弗朗索瓦所指出的那样,你不仅可以拥有标题(声明),还需要实施。

我建议制作一个生成.so对象的Makefile。 R CMD SHLIB命令是一个很好的起点,可以确定需要哪些标志,但它不能处理设计在Matlab外部执行的函数。

然后,您需要在g ++调用中找到Rcpp.so和libR.so并链接它们。

因此,有希望在R&#34;之外使用R&#34; - 就我而言,我能够将VineCopula包中的一些东西编译成Matlab能够读取的.so文件。

请参阅下面的Makefile(仅作为示例):

CFLAGS=-I/usr/share/R/include/ -I/usr/local/lib/R/site-library/Rcpp/include/ -I/usr/local/lib/R/site-library/VineCopula/include -dynamiclib -Wl,-headerpad_max_install_names -shared -L/usr/lib/R/lib -lR 
CFLAGS2=-I/usr/share/R/include/ -I/usr/local/lib/R/site-library/Rcpp/include/ -I/usr/local/lib/R/site-library/VineCopula/include 
LDFLAGS=-DNDEBUG -fpic  -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g

all: RVinePDF.so

RVinePDF.so: RVinePDF.o Rcpp.so libR.so
  g++ $(CFLAGS) -o RVinePDF.so RVinePDF.o Rcpp.so libR.so $(LDFLAGS) 
  \rm *.o 

RVinePDF.o: RVinePDF.cpp 
  g++ $(CFLAGS2) -o RVinePDF.o -c RVinePDF.cpp $(LDFLAGS)

[other .o files defined similarly]