Question

我有一个包含二进制表的60GB FITS文件。我想一次读取（并处理）该表一行/条目/行/块*。

（*我不确定正确的命名法）

我正在使用pyfits，我想做的只是简单地说：

import pyfits

hdulist = = pyfits.open("file.fits")
# the binary table has to be in the 2nd extension
# hence it is in hdulist[1]

n_entries = hdulist[1].header['NAXIS2']

for i in xrange(n_entries):
    entry = hdulist[1].data[i]  # I am confused what happens at this step

    # now do stuff with the values in entry
    # .....

变量entry的类型为<class 'pyfits.fitsrec.FITS_record'>，其长度等于二进制表中的列数。然而，似乎发生的事情是二进制表的整个被读入此行的内存：entry = hdulist[1].data[i]。

我查看了pyfits文档，但是我找不到任何方法似乎从表条目的二进制表扩展中读取数据（或一次一小段条目）。我不想从表中选择某些条目，只需按顺序扫描它们。

我想我的问题是：

0）hdulist[1].data[i]步骤发生了什么？为什么一切都被读入内存？（有什么方法吗？）

1）我是否遗漏了某些东西，并且pyfits实际上可以做我想要的吗？

2）那里会有另一个python库吗？（即在FITS扩展中使用二进制表）

3）如果没有，我可以用不同的二进制（或其他压缩/非ascii）格式（不是FITS）重新写入数据，并找到其他一些python库或模块来做我想要的吗？

Answer 1

pyfits目前缺少表的行迭代器。如果数据列不需要从磁盘存储格式转换为其“物理”值，那么读表很快。但是，如果你试图阅读这样的专栏，它目前会爆炸。我不打算过多地重写表接口，但在此期间你可能想尝试一下基于CFITSIO的Python包装的fitsio库，并提供有效的基于行的表迭代。

使用pyfits一次读取一行FITS二进制表

1 个答案: