Question

我一直在尝试使用twobitreader包（http://pythonhosted.org//twobitreader/）来提取DNA序列信息，但是我遇到了一个问题。每当我使用twobitreader.twobit_reader（）模块时，我只能获得打印输出。我想要做的是将输出写入一个新文件。

这是http://pythonhosted.org//twobitreader/中有关此模块的信息： twobit_reader接受一个twobit_file（类TwoBitFile）和一个“input_stream”，它可以是任何可迭代的（包括类文件对象）写入输出（FASTA格式）使用write（print if write = None）将错误/警告记录到stderr

可能，我对python编程的有限知识阻碍了我完成这项任务。

例如，这里是我写的一些代码：

    def get_a(n):
      """get sequences from genome"""
      genome = twobitreader.TwoBitFile('hg19.2bit')
      bedfile = open(n+'.bed', 'r')
      o_f = open(n+'_FASTA.txt', 'w')
      twobitreader.twobit_reader(genome, bedfile)
      bedfile.close()
      o_f.close()

这最终会打印我的序列。

如果我尝试将twobitreader行更改为：twobitreader.twobit_reader(genome, bedfile, o_f)以尝试将数据写入文件o_f，则会收到错误'file' object is not callable。

Answer 1

OP确认这有效：

twobitreader.twobit_reader(genome, bedfile, o_f.write)

将模块的输出从打印模式转换为写入模式

1 个答案: