Question

我有一堆对数线性模型，为了我们的目的，它只是glm()个名为mx, my, mz的对象。我希望得到一个格式良好的xtable偏差分析，所以我自然希望执行xtable(anova(mx, my, mz, test = "Chisq"))。

然而，xtable的vanilla输出不包括模型规范。我想把我正在运行的所有ANOVA测试都包括在内，所以如果没有一个参数，我就错过了这样做，我可能只需要破解我自己的解决方案。但是查看帮助页面，似乎没有简单的方法来包含模型规范。

有什么想法？替代？

如果有帮助，可以使用xtable 1.5-5在2.9.1中完成。

Answer 1

如果a是anova表对象，那么attr(a,"heading")确实包含您要查找的信息，但我无法找到一种很好的提取方法。所以我查了anova.glm的代码，它引导我使用anova.lmlist的代码来弄清楚他们如何将这些信息放入标题中。这启发了以下解决方案：

# fake data
x <- 1:10
y <- x+ rnorm(10)

# two models
m1 <- glm(y~x)
m2 <- glm(y~x+I(x^2))
a <- anova(m1, m2)  # anova object to be printed

# get model formulas
flas <- sapply(list(m1,m2), function(x)paste(deparse(x$formula)))
rownames(a) <- flas  # add formulas as rownames

# convert to latex
xtable(a)

编辑以迎合长公式：
如果您有长公式，则需要进行两项更改：首先我们必须确保deparse不会将其分成行，然后我们需要使用latex来将公式包装在表中。第一个可以通过使用deparse的cutoff.width参数来实现，第二个可以通过在latex中使用p{width}列类型来实现。例如：

# add long formula
m2$formula <- freq ~ sex + attend + birth + politics + sex:attend + sex:birth + 
              sex:politics + attend:birth + attend:politics + birth:politics + 
              sex:attend:birth + sex:attend:politics + sex:birth:politics +
              attend:birth:politics
a <- anova(m1, m2) 

# use a large width
flas <- sapply(list(m1,m2), 
               function(x)paste(deparse(x$formula, cutoff.width=500)))
rownames(a) <- flas  # add formulas as rownames

# convert to latex with first column wrapped in a 5cm wide parbox
xtable(a, align="p{5cm}rrrr")

结果不是太漂亮，但你的公式也不漂亮。在这种特殊情况下，我会使用(sex + attend + birth + politics)^3 - 得到点并且更短。

Answer 2

我估计你想要获得LaTeX表，但你可以轻松地获得带有模型公式的HTML表。

# if we presuppose that <b>a</b> is object from @Aniko's reply
> class(a)
[1] "anova"      "data.frame"
# after doing a bit of that sapply magic you get
> a
Analysis of Deviance Table

Model 1: y ~ x
Model 2: y ~ x + I(x^2)
               Resid. Df Resid. Dev Df Deviance
y ~ x                  8     15.503            
y ~ x + I(x^2)         7     12.060  1   3.4428

您可以这样做：

# load xtable library
library(xtable)
# sink output to html file
sink("~/anova_specs.html")  # suppose you're running R on Linux "~/"
print(xtable(a), type = "html")
sink()

它不像LaTeX表那么漂亮，但它有模型公式......

在xtable中包含模型规格（anova（...））

2 个答案: