R函数ordistep用于变量选择

时间:2014-04-07 20:30:45

标签: r function variables selection

我遇到的第一个问题是我需要为R中的RDA选择变量并使用两个不同的函数(来自 pack.for forward.selordistep来自纯素)。即使我使用相同的参数,我也会得到两个不同的结果。第二个问题是ordistep在我输入相同的代码行时不时返回不同的结果。函数forward.sel总是返回相同的3个变量选择,而函数ordistep返回1,2或3个变量,每次重新输入相同的代码行时都会发生变化。

具体而言,我使用植物根系生产力和各种环境条件的数据,并试图了解哪些环境条件影响生产力参数。

当使用forward.sel时,我得到了土壤的容积水含量,pH值和土壤C,

test=forward.sel(variables[,1:3], #productivity variables#
                 variables[,4:length(variables)], #environmental variables#
                 nperm = 999, alpha = 0.1)

当使用ordistep时,我有时会得到土壤P,土壤N和pH,有时土壤的体积含水量,土壤N,土壤P和pH,或者这些变量的混合顺序不同。

mod0=rda(variables[,1:3]~1,variables[,4:length(variables)])
mod1=rda(variables[,1:3]~.,variables[,4:length(variables)])

test2=ordistep(mod0, scope = formula(mod1),
               direction=c("forward"), Pin=0.1, perm.max = 9999)

我在为ordistep选择约束时可能会出错,因为即使我使用9999数据排列,它也会不时变化太大。我想知道您是否可以解释结果中的这些变化。

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