我在群集计算机上工作,我使用以下命令:
java -Xmx6100m -XX:ParallelGCThreads = 1 -jar /sw/GenomeAnalysisTK-2.7-4-g6f46d11/GenomeAnalysisTK.jar -T DepthOfCoverage -I /a/AID1111.bam -L /a/123.txt -R /a/human_g1k_v37_Ensembl_MT_66.fasta -dt BY_SAMPLE -dcov 5000 -l INFO --omitDepthOutputAtEachBase --omitLocusTable --minBaseQuality 0 --minMappingQuality 20 --start 1 --stop 5000 --nBins 200 --includeRefNSites --countType COUNT_FRAGMENTS -o /a/AID1111.txt
-XX:ParallelGCThreads=1
应该限制垃圾收集器使用1个核心但是当我使用top命令检查细节时,我看到垃圾收集器使用了14个核心。
任何人都可以告诉我它为什么会发生以及如何解决它。