进行成对序列比对时序列文件的典型大小是多少？我们可以整合有机体的整个基因组吗？
答案 0 :(得分：0)
成对序列比对有两种类型，局部和全局。
局部成对比对试图仅定位两个相似序列的部分。由于存在巨大的变化，因此没有典型的序列大小。对于人类来说，它是10-15kb（10000-15000碱基对），根据这个：http://bionumbers.hms.harvard.edu/bionumber.aspx?&id=104316&ver=1。
在全局比对的情况下，我们尝试比对两个序列的所有残基。使用全局比对方法，我们可以对齐生物体的整个基因组，但这仅在密切相关的生物体的情况下有用，其中基因组没有大量分歧。有关如何完成此操作的示例，请参阅：http://genomewiki.ucsc.edu/index.php/Whole_genome_alignment_howto
此外，这描述了多个全基因组比对，这可能更有用：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3157923/