Question

我想使用以下方法将几个文件合并在一起：

do.call("cbind",lapply(sample_list, FUN=function(files){read.table(files, header=TRUE, sep="\t", stringsAsFactors=FALSE)}))

但是，我的sample_list文件（例如，1c.QC.dat）位于不同的目录中。但目录遵循相同的模式：

/home/Project1/Files/Sample_*/*.QC.dat

其中*是样本ID。

有没有办法轻松列出这些文件？

Answer 1

让我们先选择我们的Sample_*目录。

main_dir <- '/home/Project1/Files/'
directories <- list.files(main_dir, pattern = '^Sample_')
directories <- Filter(function(x) file.info(file.path(main_dir, x))$isdir, directories)

我们现在有一个以Sample_开头的目录字符向量。现在我们可以读入data.frames：

dfs <- lapply(directories, function(subdir) {
  files <- list.files(path <- file.path(main_dir, subdir), pattern = '\\.QC\\.dat$')
  subdfs <- lapply(files, function(filename)
    read.table(file.path(path, filename), header=TRUE, sep="\t", stringsAsFactors=FALSE)
  )
  do.call(rbind, subdfs)
})

最后，我们将它们绑定到一个巨大的数据帧中：

dfs <- do.call(rbind, dfs) # Notice we used the same trick twice

更短但更聪明的选择是使用recursive = TRUE上的list.files参数：

dfs <- do.call(rbind, lapply(
  list.files(path <- '/home/Project1/Files/',
             pattern = '^Sample_.*\\.QC\\.dat$', recursive = TRUE),
  function(filename)
    read.table(file.path(path, filename), header=TRUE, sep="\t", stringsAsFactors=FALSE)
))

列出具有相同文件命名格式的不同目录中的文件[R]

1 个答案: