Question

我在一个用逗号分隔的单个字母的文件上使用'fill = T'：

    Pred
1   T,T
2   NA
3   D
4   NA
5   NA
6   T
7   P,B
8   NA
9   NA

使用命令：

sift <- read.table("/home/pred.txt", header=F, fill=TRUE, sep=',', stringsAsFactors=F)

我希望筛选结果如下：

    V1 V2
1    T  T
2 <NA>    
3    D    
4 <NA>   
5 <NA>   
6    T   
7    P  B
8 <NA>   
9 <NA>

然而，它出现了：

    V1 
1    T 
2 <NA>    
3    D    
4 <NA>   
5 <NA>   
6    T   
7    P 
8 <NA>   
9 <NA>

当每行中有多个sampleID（用逗号分隔）时，此代码有效 - 但不适用于单个字母。 “填充”是否适用于单个字母？愚蠢的问题，我知道。

Answer 1

所以这是一个解决方法：

url  <- "https://dl.dropboxusercontent.com/s/bjb241s16t63ev8/pred.txt?dl=1&token_hash=AAEBzfCGgoeHgNTvhMSVoZK6qRGrdwwuDZB3h8lWTZNtkA"
df.1 <- read.table(url,header=F,sep=",",fill=T,stringsAsFactors=F)
dim(df.1)
# [1] 149792      1     <-- 149,792 rows and ** 1 ** column

df.2 <- read.table(url,header=F,sep=",",fill=T,stringsAsFactors=F, 
                   col.names=c("V1","V2"))
dim(df.2)
# [1] 149633      2     <-- 149,633 rows and ** 2 ** columns

head(df.2[which(nchar(df.2$V2)>0),])
#      V1 V2
# 1000  T  T
# 2419  T  T
# 3507  T  T
# 3766  T  D
# 4308  T  D
# 4545  T  D

read.table(...)创建一个数据框，其中列数由前5行确定。由于您文件中的前5行只有1列，所以您得到的是这些。显然，通过指定sep=","，您强制read.table(...)添加＆＃34;额外＆＃34;数据为额外行。

变通方法通过指定列名称（可以是任何内容）显式设置列数，只要length(col.names) = 2。

填充= T不会使用单个字母（？）[R]

1 个答案: