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"p48363", "p48445", "p48526", "p48567", "p48589", "p49017", "p49089",
"p49090", "p49166", "p49167", "p49367", "p49435", "p49723", "p49775",
"p49954", "p49957", "p50086", "p50094", "p50095", "p50101", "p50264",
"p50861", "p50946", "p51401", "p51601", "p51996", "p52488", "p52489",
"p52910", "p52918", "p53072", "p53090", "p53095", "p53110", "p53111",
"p53128", "p53144", "p53164", "p53177", "p53183", "p53184", "p53196",
"p53221", "p53228", "p53235", "p53255", "p53256", "p53265", "p53270",
"p53303", "p53315", "p53319", "p53334", "p53342", "p53598", "p53615",
"p53633", "p53720", "p53727", "p53731", "p53759", "p53834", "p53839",
"p53848", "p53909", "p53912", "p53920", "p53980", "p53981", "p54113",
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"q04432", "q04491", "q04533", "q04636", "q04660", "q04728", "q04792",
"q04894", "q04947", "q04951", "q05016", "q05022", "q05506", "q05515",
"q05533", "q05583", "q05636", "q05778", "q05788", "q05905", "q05911",
"q05933", "q05946", "q05979", "q06053", "q06103", "q06137", "q06146",
"q06151", "q06252", "q06338", "q06385", "q06406", "q06408", "q06440",
"q06494", "q06523", "q06608", "q06624", "q06625", "q06672", "q06706",
"q07381", "q07505", "q07527", "q07532", "q07551", "q07589", "q07648",
"q07938", "q08162", "q08220", "q08245", "q08421", "q08634", "q08647",
"q08686", "q08745", "q08920", "q08924", "q08952", "q08971", "q08977",
"q08985", "q12008", "q12009", "q12040", "q12074", "q12091", "q12109",
"q12118", "q12122", "q12123", "q12159", "q12168", "q12189", "q12211",
"q12242", "q12277", "q12283", "q12306", "q12314", "q12329", "q12335",
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"q750z7", "q751d8", "q752q7", "q752w6", "q753p8", "q753t3", "q753w1",
"q753y2", "q754c8", "q754d6", "q754f6", "q755g1", "q755g8", "q755q5",
"q756e2", "q756e7", "q756f7", "q756k2", "q756u4", "q756y3", "q757i1",
"q757l4", "q757n1", "q757y2", "q758l1", "q758t1", "q759a3", "q759a4",
"q759a9", "q759i7", "q759v7", "q75aa5", "q75bc3", "q75bq6", "q75bv8",
"q75c57", "q75cf8", "q75cn6", "q75df8", "q75dp6", "q75dq0", "q75ds7",
"q75du3", "q75dw1", "q75en0", "q75ew2", "q75f01", "q87026", "q8j1f8",
"q8j2m3", "q8mx29", "q96vh4", "q99210", "q99258", "q99312", "q9p4c2",
"s4vpl7", "s5s176", "t2a536", "v5rd14"), class = "factor"), `2_1` = c(NA,
NA, NA, NA, 0.933959669839227, NA), `2_2` = c(NA, NA, NA, NA,
14.2445924025971, NA), `2_3` = c(NA, NA, NA, NA, 1.84391659829476,
NA), `2_4` = c(NA, NA, NA, NA, 1, NA), `2_5` = c(NA, NA, NA,
NA, 0.850344700878792, NA), `2_6` = c(0.0631240804031774, NA,
NA, 1.11684072808048, 1, 1.29478435854497), `2_7` = c(0.135377134405041,
NA, NA, 0.941579635959761, 0.389199799282971, 0.705215641455033
), `2_8` = c(0.340634833543641, NA, NA, 1, 0.467857655108082,
NA), `2_9` = c(1.43325438281299, NA, NA, NA, 0.157821181013907,
NA), `2_10` = c(1.71425095521776, NA, NA, NA, 0.382740802185421,
NA), `2_11` = c(0.715532320539672, NA, NA, NA, NA, NA), `2_12` = c(NA_real_,
NA_real_, NA_real_, NA_real_, NA_real_, NA_real_), `2_13` = c(NA_real_,
NA_real_, NA_real_, NA_real_, NA_real_, NA_real_), `2_14` = c(NA_real_,
NA_real_, NA_real_, NA_real_, NA_real_, NA_real_), `2_15` = c(1.72759758284943,
NA, NA, NA, NA, NA), `2_16` = c(1.71289858010354, NA, NA, NA,
NA, NA), `2_17` = c(0.747888289194788, 1, NA, NA, NA, NA), `2_18` = c(NA_real_,
NA_real_, NA_real_, NA_real_, NA_real_, NA_real_), `2_19` = c(NA_real_,
NA_real_, NA_real_, NA_real_, NA_real_, NA_real_), `2_20` = c(NA_real_,
NA_real_, NA_real_, NA_real_, NA_real_, NA_real_), `2_21` = c(NA_real_,
NA_real_, NA_real_, NA_real_, NA_real_, NA_real_), `2_22` = c(NA_real_,
NA_real_, NA_real_, NA_real_, NA_real_, NA_real_), `2_23` = c(NA,
NA, 1.29452015085474, NA, NA, NA), `2_24` = c(NA, NA, 0.852739924572629,
NA, NA, NA)), .Names = c("Gene name", "2_1", "2_2", "2_3", "2_4",
"2_5", "2_6", "2_7", "2_8", "2_9", "2_10", "2_11", "2_12", "2_13",
"2_14", "2_15", "2_16", "2_17", "2_18", "2_19", "2_20", "2_21",
"2_22", "2_23", "2_24"), row.names = c(NA, 6L), class = "data.frame")
>
我将只使用一个我想要实现的例子：
tbl_all2：
Gene 2_1 2_2 2_3 2_4
a2p1u8 Na 3 5 1
a2qab2 2 5 3 Na
a6zl23 4 Na 1 Na
a6zlf3 Na Na 3 1
我想逐列比较数字并将“结果”放在新矩阵中。我想如何比较它们。让我们从第一行开始（Gene a2p1u8）。 第一和第二列（2_1和2_2）。首先是Na（它是0），在第二列中数字更高/更大。所以在新矩阵中我想放1.接下来我将比较第二和第三列（2_2和2_3）第三列中的数字大于第二列中的数字所以我必须将新矩阵中的1替换为0第二列，并在第三列中放置1。现在第三个＆gt;第四，所以我在第三列留下1，第四列我把0。
New matrix:
Gene 2_1 2_2 2_3 2_4
a2p1u8 0 0 1 0
a2qab2 0 1 0 0
a6zl23 1 0 1 0
a6zlf3 0 0 1 0
我已经创建了一个新矩阵：
## Create empty matrix ##
vec_name <- colnames(tbl_all2[,2:25])
vec_name <- unique(vec_name)
matrix2_1 <- matrix(0, nrow = length(tbl_all2[,1]),ncol =24)
colnames(matrix2_1) <- vec_name
rownames(matrix2_1) <- tbl_all2[,1]
知道我该怎么办吗？我知道它必须在循环中完成，但让我们从一行开始。
答案 0 :(得分：1)
首先我用tbl_all2[which(is.na(tbl_all2))] <- 0将所有Na改为0
这样比较就容易了。如果元素相等，我不知道你想做什么，所以我写了这样的比较器函数：
## it returns 1 if the second is larger, 0 if
fn <- function(a,b,c){
if(a==b && b==c){return(0)} ## sets to 0 if they are equal
else if(max(c(a,b,c))==b){return(1)}
else {return(0)}
}
然后我在前面和后面添加了一列，以便功能可以顺利运行
mytbl <- cbind(c(0,0,0,0),tbl_all2,c(0,0,0,0))
下一部分将遍历每一行并比较三个元素，如果中间的一个是最大值，则会为其分配零。我只设置i和j的索引在样本中运行，但是为了扩展它：2＆lt;我＆lt; （ncol-1）和1＆lt; j＆lt; nrow
a=list()
for (i in 2:5){
for (j in 1:4){
print(c(mytbl[j,(i-1)],mytbl[j,i],mytbl[j,(i+1)]))
a=append(a,(fn(mytbl[j,(i-1)],mytbl[j,i],mytbl[j,(i+1)])))
}
}
然后将所有结果抛回到一个漂亮的表中
> matrix(a,ncol=4,dimnames=dimnames(tbl_all2))
2_1 2_2 2_3 2_4
a2p1u8 0 0 1 0
a2qab2 0 1 0 0
a6zl23 1 0 1 0
a6zlf3 0 0 1 0