另一种方法：cut -d <string>？</string>

Question

当我输入ls时，我得到：

aedes_aegypti_upstream_dremeready_all_simpleMasked_random.fasta
anopheles_albimanus_upstream_dremeready_all_simpleMasked_random.fasta
anopheles_arabiensis_upstream_dremeready_all_simpleMasked_random.fasta
anopheles_stephensi_upstream_dremeready_all_simpleMasked_random.fasta
culex_quinquefasciatus_upstream_dremeready_all_simpleMasked_random.fasta

我想把它管道化（或通过一些替代方式），以便我得到：

aedes_aegypti
anopheles_albimanus
anopheles_arabiensis
anopheles_stephensi
culex_quinquefasciatus

如果cut会接受一个字符串（多个字符）作为它的分隔符，那么我可以使用：

cut -d "_upstream_" -f1

但是不允许这样做，因为剪切仅将单个字符作为分隔符。

Answer 1

awk允许字符串作为分隔符：

$ awk -F"_upstream_" '{print $1}' file
aedes_aegypti
anopheles_albimanus
anopheles_arabiensis
anopheles_stephensi
culex_quinquefasciatus
drosophila_melanogaster

请注意，对于给定的输入，您还可以使用cut和_作为分隔符并打印前两个记录：

$ cut -d'_' -f-2 file
aedes_aegypti
anopheles_albimanus
anopheles_arabiensis
anopheles_stephensi
culex_quinquefasciatus
drosophila_melanogaster

sed和grep也可以成功。例如，此grep使用预测来打印从行首开始的所有内容，直到找到_upstream：

$ grep -Po '^\w*(?=_upstream)' file
aedes_aegypti
anopheles_albimanus
anopheles_arabiensis
anopheles_stephensi
culex_quinquefasciatus
drosophila_melanogaster

Answer 2

如果你只想要第一个字段，你可以用纯粹的bash做到这一点：

ls | while read line; do echo "${line%%_upstream_*}"; done

Answer 3

你也可以使用sed：

sed -i.bak 's/_upstream.*//' file

结果：

aedes_aegypti
anopheles_albimanus
anopheles_arabiensis
anopheles_stephensi
culex_quinquefasciatus
drosophila_melanogaster

注意：这也会创建原始文件的备份为file.bak。

Answer 4

与@Tom Fenech相似 - 使用bash parameter expansion/substring removal - 但使用for循环：

$ ls
aedes_aegypti_upstream_dremeready_all_simpleMasked_random.fasta
anopheles_albimanus_upstream_dremeready_all_simpleMasked_random.fasta
anopheles_arabiensis_upstream_dremeready_all_simpleMasked_random.fasta
anopheles_stephensi_upstream_dremeready_all_simpleMasked_random.fasta
culex_quinquefasciatus_upstream_dremeready_all_simpleMasked_random.fasta
drosophila_melanogaster_upstream_dremeready_all_simpleMasked_random.fasta

$ for file in *; do
> echo "${file%%_upstream_*}"
> done
aedes_aegypti
anopheles_albimanus
anopheles_arabiensis
anopheles_stephensi
culex_quinquefasciatus
drosophila_melanogaster