Question

我正在使用marmap软件包制作加拿大育空地区小型浅水湖泊的水深图。

我的数据是手动采样的，在CSV文件中有三列：

经度，纬度，深度

我只是使用“as.bathy”，然后使用“is.bathy”来确保它的格式正确，最后使用“plot.bathy”来制作一个空白的情节。

该图显示了纬度和经度，但没有说明任何深度。

我现在意识到这些深度值完全缺少0值。这意味着R不知道海岸线在哪里，我相信这可能是我绘制问题的一个重要因素。

现在适当的行动方案是进入QGIS并采用0深度和坐标的海岸线值，以便为R提供海岸线？

或者我应该使用不同的方法来制作这些图表？在这个阶段，我正在尝试比较不同的方法来制作这些水深测量图表，其中有效的时间和易于绘图是主要问题。

谢谢。

编辑更新

所以我更新了我的CSV以包含海岸线值，沿着海岸线交错排列，深度为0。重新绘制，同样的结果。

Answer 1

问题来自数据的非矩形格式。 read.bathy（）和as.bathy（）还不能处理bathy文件中缺少的数据。沿着海岸线添加零也无济于事。好消息是我们将在接下来的几天内发布marmap v0.8，其中包含能够处理此类数据的read.bathy（）的更新版本。更新到marmap 0.8后，您只需输入以下代码：

library(marmap)
dat <- read.bathy("my_cvs_file.csv")
plot(dat)

与此同时，你可以：

加载marmap 0.7
将以下代码复制/粘贴到R控制台
在脚本中使用read.bathy2（）函数而不是read.bathy（）。

下面提供的代码只是在适当的容积中添加NAs（即没有任何数据的地方）。

我希望这有帮助！

add.nas <- function(vec,pos.missing) {

    vec.new <- NULL
    n.mis <- length(pos.missing)

    for (i in 1:n.mis) {
        modify.vec <- TRUE
        range <- 1:(pos.missing[i]-1)

        if (identical(range,1:0)) {
            range <- 0
            modify.vec <- FALSE
        }

        vec.new <- c(vec.new,vec[range],NA)
        if (modify.vec) vec <- vec[-range]
        pos.missing <- pos.missing - pos.missing[i]
    }

    vec.new <- c(vec.new,vec)
    return(vec.new)
}

read.bathy2 <- function (xyz, header = FALSE, sep = ",") {

    bath <- read.table(xyz, header = header, sep = sep)
    bath <- bath[order(bath[, 2], bath[, 1], decreasing = FALSE), ]

    lat <- unique(bath[, 2]) ; bcol <- length(lat)
    lon <- unique(bath[, 1]) ; brow <- length(lon)

    if ((bcol*brow) == nrow(bath)) {
        mat <- matrix(bath[, 3], nrow = brow, ncol = bcol, byrow = FALSE, dimnames = list(lon, lat))
        } else {
            id <- apply(bath[,-3],1,function(x) c(which(lon==x[1]) , which(lat==x[2])) )
            pos.missing <- which(table(id[1,],id[2,])==0)
            mat <- matrix(add.nas(bath[,3],pos.missing), nrow = brow, ncol = bcol, byrow = FALSE, dimnames = list(lon, lat))
        }

    ordered.mat <- check.bathy(mat)
    class(ordered.mat) <- "bathy"
    return(ordered.mat)
}

Answer 2

marmap 0.8即将推出，但您已经可以通过github安装新版本了：

install.packages("devtools")
library(devtools)
install_github("marmap","ericpante")

已修改函数read.bathy以处理非矩形测深文件。

使用原始深度/坐标数据，“marmap”包。麻烦绘制测深图表

2 个答案: