有没有比groupby变换更快的替代方案?

时间:2014-03-26 22:16:20

标签: python pandas

我刚刚将Pandas更新为0.13.1但是现在一行代码(在0.12.0之下已经很慢)变得难以忍受。我想知道是否有更快的替代品。

我使用数据帧。假设我有类似这样的东西:

import pandas as pd
df = pd.DataFrame({'A': ['one', 'one', 'two', 'three', 'three', 'one'], 'B': range(6)})
print df

       A  B
0    one  0
1    one  1
2    two  2
3  three  3
4  three  4
5    one  5

我首先按'A'分组并选择B中每个组的最后一个值来创建第三列'C':

df['C'] = df.groupby('A')['B'].transform(lambda x: x.iloc[-1])
print df

      A   B  C
0    one  0  5
1    one  1  5
2    two  2  2
3  three  3  4
4  three  4  4
5    one  5  5

问题是:使用Pandas版本0.13.1有更快的方法吗?

谢谢

1 个答案:

答案 0 :(得分:3)

是的,这正在等待实施:https://github.com/pydata/pandas/issues/6496

但你可以这样做:

生成数据/组:

In [31]: np.random.seed(0)

In [32]: N = 120000

In [33]: N_TRANSITIONS = 1400

In [35]: transition_points = np.random.permutation(np.arange(N))[:N_TRANSITIONS]

In [36]: transition_points.sort()

In [37]: transitions = np.zeros((N,), dtype=np.bool)

In [38]: transitions[transition_points] = True

In [39]: g = transitions.cumsum()

In [40]: df = pd.DataFrame({ "signal" : np.random.rand(N)})

In [41]: grp = df["signal"].groupby(g)

这是实际的转换:

In [42]: result2 = grp.transform(lambda x: x.iloc[-1])

In [43]: result1 = pd.concat([ Series([r]*len(grp.groups[i])) for i, r in enumerate(grp.tail(1).values) ],ignore_index=True)

In [44]: result1.equals(result2)
Out[44]: True

时序。

In [26]: %timeit pd.concat([ Series([r]*len(grp.groups[i])) for i, r in enumerate(grp.tail(1).values) ],ignore_index=True)
10 loops, best of 3: 123 ms per loop

In [27]: %timeit grp.transform(lambda x: x.iloc[-1])
1 loops, best of 3: 472 ms per loop