Question

我试图使用R中的以下代码r.bind某个目录中的所有文件（所有文件的格式都相同）：

gene_list <- list.files("/nethome/genelist/")   
gene_CH <- do.call("rbind",lapply(gene_list, FUN=function(files)
         {read.table(files,   header=TRUE, sep="\t", stringsAsFactors=FALSE)}))
write.table(gene_CH,"/nethome/genelist/all.genes.CH_v2t.txt",sep="\t",quote=F,row.names=F)

但是，我收到以下错误：

Error in file(file, "rt") : cannot open the connection
In addition: Warning message:
In file(file, "rt") :
  cannot open file 'A2ML1_v2t.txt': No such file or directory

事情是，A2ML1_v2t.txt在目录中。此外，更令人费解的是（无论如何）这个代码今天早上起作用了。但由于某种原因，它现在不起作用。

有什么建议吗？

Answer 1

两种可能性：

今天早上，您的工作目录是/ nethome / genelist /，但现在，它不是。 list.files()仅提供文件名，而不是绝对路径，因此您的第二行将搜索当前工作目录。请尝试getwd()进行检查，然后setwd()进行更改。
您对目录中有读取权限吗？是吗？

list.files错误（容易吗？）[R]

1 个答案: