Question

我有以下数据集：

firm_id_1 firm_id_2
1         2
1         4
1         5
2         1
2         3
3         2
3         6
4         1
4         5
4         6
5         4
5         7
6         3 ....

我想绘制firm_id = 1的网络图。换句话说，我希望看到一个图表，显示firm_id = 1直接连接到2,4,5，并通过公司2间接连接到3，通过公司4连接到6并通过公司间接连接到7换句话说，我从firm_id=1开始绘制到每个节点的最短距离（firm_id）。我的数据中有3000个节点，我知道公司1到达少于9个顶点的所有节点。我怎样才能用Python绘制图形？

Answer 1

我将从名为NetworkX的库开始。我不确定我是否理解你所寻找的一切，但我认为这应该足以让你修改它。

此程序将从文本文件graphdata.txt加载数据，按空格分割，并将对添加为边。

然后计算从1到所有节点的最短路径，然后在距离大于9时打印...有关更多详细信息，请参阅documentation。

最后，它会使用弹簧布局将图形渲染到名为mynetwork.png的文件并显示在屏幕上。

3000个节点可能需要/可能不需要进行一些优化。

希望这有帮助！

import networkx as nx
import matplotlib.pyplot as plt

graph = nx.Graph()
with open('graphdata.txt') as f:
    for line in f:
        firm_id_1, firm_id_2 = line.split()
        graph.add_edge(firm_id_1, firm_id_2)

paths_from_1 = nx.shortest_path(graph, "1")
for path in paths_from_1:
    if len(paths_from_1[node]) > 9:
        print "Shortest path from 1 to", node, "is longer than 9"


pos = nx.spring_layout(graph, iterations=200)
nx.draw(graph, pos)
plt.savefig("mynetwork.png")
plt.show()

Answer 2

您可以尝试python-graph套餐。我不确定它的可扩展性，但你可以做类似......

from pygraph.classes.digraph import digraph
from pygraph.algorithms.minmax import shortest_path

gr= digraph()

gr.add_nodes(range(1,num_nodes))

for i in range(num_edges):
    gr.add_edge((edge_start, edge_end))

# shortest path from the node 1 to all others
shortest_path(gr,1)

Python：从数据中绘制网络图

2 个答案: