Question

我需要一些帮助来解决这个问题。当我在Cygwin（windows 8 64位）下编译Samtools时出现错误。

我收到以下消息：

ADMIN @ USER~ / samtools-0.1.19

$ make    
make[1]: Entering directory '/cygdrive/c/Users/ADMIN/Cygwin/home/samtools-0.1.19'    
make[2]: Entering directory '/cygdrive/c/Users/ADMIN/Cygwin/home/samtools-0.1.19'    
gcc -c -g -Wall -O2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE64_SOURCE -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 -DBGZF_CACHE -I. bgzf.c -o bgzf.o    
In file included from bgzf.c:32:0:    
bgzf.h:33:18: fatal error: zlib.h: No such file or directory    
#include <zlib.h>        
^         
compilation terminated.    
Makefile:56: recipe for target 'bgzf.o' failed    
make[2]: *** [bgzf.o] Error 1
make[2]: Leaving directory '/cygdrive/c/Users/ADMIN/Cygwin/home/samtools-0.1.19'
Makefile:27: recipe for target 'lib-recur' failed
make[1]: *** [lib-recur] Error 1
make[1]: Leaving directory '/cygdrive/c/Users/ADMIN/Cygwin/home/samtools-0.1.19'
Makefile:27: recipe for target 'all-recur' failed
make: *** [all-recur] Error 1

请告诉我出了什么问题以及我需要纠正它。我试着对Makefile做一些改动将-D_CURSES_LIB = 1更改为-D_CURSES_LIB = 0 将“LIBCURSES = -lcurses＃-lXCurses”更改为“LIBCURSES =＃ -lcurses＃-lXCurse

错误消息仍在继续，请帮助..

Answer 1

我遇到了同样的问题，并通过以下步骤解决了这个问题：

启动Cygwin安装程序，在＆＃34;选择包＆＃34;页面，搜索并安装gcc-g ++，gdb，make，libncurses，zlib，zlib-devel。

下载并提取samtools。

将-Dexpl=exp -Dlogl=log附加到Makefile的默认DFLAGS行，例如：

DFLAGS= -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE64_SOURCE -D_CURSES_LIB=1 -Dexpl=exp -Dlogl=log

运行make clean以清除以前的构建尝试。

然后运行make。

将samtools.exe和misc文件夹复制到系统路径。或者对于samtools 1.0或更高版本，请运行make install。

请注意：samtools现在位于version 1.1。你应该先试试。

有关详情，请访问my blog。

如何使用cygwin编译和工作samtools

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