python在SPYDER中绘制有向图

Question

我正在使用SPYDER。我有以下代码。代码生成图形。但图表不干净。我想在图中看到图层 - 我的第一层有'开始'节点，第二层有1,2,3节点，第三层有'a'，'b'，'c'节点，最后一层有'结束'节点。任何想法我怎么能实现我的目标？

import networkx as nx
import matplotlib.pyplot as plt
import os.path as path

G=nx.DiGraph()
G.add_nodes_from(['start',1,2,3,'a','b','c','end'])

G.nodes(data=True)

G.add_edge('start',2)
G.add_edge('start',3)
G.add_edge(2,'b')
G.add_edge('b','end')
G.add_edge('a','end')
G.add_edge('f','g')
nx.draw(G)

------------------------更新------------------

逐层我的意思是我应该看到附图中的网络。我希望以这种方式绘制网络，因为层X中的节点将直接连接到层X + 1或层X-1中的节点

Answer 1

它[似乎networkx does not provide much for arranging graphs但我只触及了几次，所以我无法肯定地说。我找不到办法去做你想问的事。

但是，我尝试使用graphviz（必须先安装）来完成它。排名方法的积分转到this SO answer。

复制粘贴示例

import networkx as nx

ranked_node_names = [['start'],
                     [1, 2, 3],
                     ['a', 'b', 'c'],
                     ['end']]
node_edges = [('start', 2),
              ('start', 3),
              (2, 'b'),
              ('b', 'end'),
              ('a', 'end')]

# graph and base nodes/edges in networkx
G = nx.DiGraph()
for rank_of_nodes in ranked_node_names:
    G.add_nodes_from(rank_of_nodes)
G.nodes(data=True)
G.add_edges_from(node_edges)
# I don't know a way to automatically arrange in networkx so using graphviz
A = nx.to_agraph(G)
A.graph_attr.update(rankdir='LR')  # change direction of the layout
for rank_of_nodes in ranked_node_names:
    A.add_subgraph(rank_of_nodes, rank='same')
# draw
A.draw('example.png', prog='dot')

默认输出

LR（左 - 右）输出

Answer 2

您至少有两个选项：如果您愿意，可以自己创建一个包含节点位置的字典。首先将节点分配给图层，然后：

position = dict()
for (i, layer) in enumerate(layers):
    for (j, node) in enumerate(layer):
        position[node] = (i, j / float(len(layer))

然后使用给定的节点位置nx.draw(G, pos=position)绘制网络。

另一个选择是使用graphviz和python AGraph类，它可用于生成分层布局。