Question

我使用NetworkX通过从大型.pdb文件中剥离线来创建原子和键（通过节点和边）的图形。我如何做的一个例子就是这样：

G.add_node(atom_serial,x=atom_x,y=atom_y,z=atom_z,species=atom_species, color='green')

原子序列，物种，位置和偏移定义为：

atom_serial = int(line[6:12])

atom_species = str(line[(12+offset):(16+offset)]).replace(' ','')

atom_x = float(line[(30+offset):(38+offset)])

atom_y = float(line[(38+offset):(46+offset)])

atom_z = float(line[(46+offset):(54+offset)])

offset = atom_serial/100000

由于pdb格式的限制，使用了偏移量。要将图形写入.xyz文件（常见的水晶查看软件使用的格式），我使用此代码：

def writeGraphToXYZ(myGraph,myFilename): 
     f = open(myFilename,'w')
     f.write(str(len(G))+'\n')
     f.write('Atoms. File created from networkx graph by IsingModel.py\n')
     for nodeindex in G:
         atom = G.node[nodeindex]
         f.write(str(atom['species'])+' '+str(atom['x'])+' '+str(atom['y'])+' '+str(atom['z'])+'\n')
     f.close()
     print("Graph exported.")

我将此程序称为：

writeGraphToXYZ(G,'Randomised_x050-InGaN-50-50-8xyz.xyz')

并收到错误消息：

 f.write(str(atom['species'])+' '+str(atom['x'])+' '+str(atom['y'])+' '+str(atom['z'])+'\n')
KeyError: 'species'

＆＃34;令人费解的＆＃34;有点是程序在我的同事计算机上运行得非常精细......

有人可以告诉我为什么我会收到此错误而我的同事却没有，尽管事实上我们运行完全相同的代码行，并且可能提供解决方案。

如果您想了解更多信息，请不要犹豫！

Answer 1

您可以尝试将循环编写为

for node,data in G.nodes(data=True):
    print node,data

或者，如果您只是寻找'物种'键

for node,data in G.nodes(data=True):
    print node,data['species']

可能是您添加了一个没有“物种”数据的节点。

令人困惑的选择性KeyError

1 个答案: