使用具有灰度级的自动绘图（survMisc）的生存图

Question

我一直在尝试使用包autoplot中的survMisc函数绘制生存函数。到目前为止它的好处，情节很好，但问题是我无法使用scale_color_grey来使用灰色色标。

代码是：

   autoplot(fit.bygroup, plotTable=TRUE, divideTime=1,legendLabs=c("group1", "group2"),  lty=c(1,2),geom_line(size=2))+ scale_color_grey()

我想问题是这个autoplot正在创建一个空白对象......有什么办法可以将它们改成灰度颜色吗？或者，如果我想要黑白背景怎么办？

    p<- autoplot(fit.bygroup, plotTable=TRUE, divideTime=1,legendLabs=c("group1", "group2"),  lty=c(1,2),geom_line(size=2))

这个p实际上是NULL

Answer 1

我认为您需要更改autoplot使用的survMisc函数的代码。您可以找到关于如何查看源代码here的非常好的帖子。

在控制台中输入autoplot。

autoplot
# ...snip
# UseMethod("autoplot")
# ...snip

UseMethod("autoplot")表示autoplot是S3方法。然后我们可以使用methods列出可用的方法。

methods(autoplot)
# [1] autoplot.default* autoplot.survfit  autoplot.zoo

在控制台中输入autoplot.survfit。

autoplot.survfit

将代码复制到编辑器。

更改色阶：
搜索＆＃39; scale_col＆＃39;你会发现三个实例：

scale_colour_brewer(type = "qual", palette = "Dark2",
                    guide = guide_legend(keywidth = 3, keyheight = 3))

将其替换为：

scale_colour_grey(guide = guide_legend(keywidth = 3, keyheight = 3))

更改背景颜色
在最后一个代码部分：
将print(g1)替换为print(g1 + theme_classic())（或您喜欢的任何其他theme）
将grid.arrange(arrangeGrob(g1 + theme(legend.position = "none"),替换为grid.arrange(arrangeGrob(g1 + theme_classic() + theme(legend.position = "none")，

使用新名称保存更新的功能，例如autoplot.survfit2。

在?survMisc::autoplot

中的第一个示例中尝试使用它

data(kidney, package = "KMsurv")
s1 <- survfit(Surv(time = time, event = delta) ~ type, data = kidney)
autoplot.survfit2(s1)

Answer 2

从版本0.4.2开始，这有点“hackey”。 autoplot.survfit现在在列表中返回table和plot。 这些可以根据需要进一步修改，然后使用autoplot.tableAndPlot进行组合，如下所示：

data(kidney, package = "KMsurv")
s1 <- survfit(Surv(time = time, event = delta) ~ type, data = kidney)
library(survMisc)
tap1 <- autoplot(s1)
for (i in seq_along(tap1)){
    tap1[[i]] <- tap1[[i]] + scale_colour_grey(guide = guide_legend(keywidth = 3, keyheight = 3)) + theme_classic()
    }
autoplot(tap1)

，并提供：

或者单独修改情节，例如：

p1 <- autoplot(s1)$plot
p1 +
    scale_colour_grey(guide = guide_legend(keywidth = 3, keyheight = 3)) +
    theme_classic()