Question

我的包示例中的system.file命令有时会无法预测地失败，而在其他时间传递。我不懂为什么。

我通常使用：

> system.file("examples", "trees.xml", package="RNeXML", mustWork=TRUE)

通常有效，但有时会失败（即使在交互式会话中）：

Error in system.file("examples", "trees.xml", package = "RNeXML", mustWork = TRUE) :

找不到文件

当它失败时，我可以让它工作：

> system.file("examples", "trees.xml", lib.loc = .libPaths()[1], package="RNeXML", mustWork=TRUE)
[1] "/home/cboettig/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0/RNeXML/examples/trees.xml"

这对我没有任何意义，因为system.file的文档说如果没有提供libPaths的值，它会自动检查lib.loc。

那么，为什么我明确地给出.libPaths()[1]会有效呢？

似乎明确地告诉我的包使用第一个路径.libPaths()[1]，会不那么稳定。

Answer 1

由于这是heisenbug，请设置options(error = recover)，当系统提示输入帧编号时，请选择将您带入system.file的帧编号。（有关我将要解释的内容的更多信息，请参阅Hadley的Exceptions and Debugging tutorial。）然后逐步使用调试器并确定packagePath是否使用find.package(package, lib.loc, quiet = TRUE)正确加载。我检查了后一种功能，但没有发现任何错误，所以它可能是系统特定的。你可以张贴sessionInfo()吗？

如果packagePath没问题，那么答案就在system.file其余部分的某处：

FILES <- file.path(packagePath, ...)
present <- file.exists(FILES)
if (any(present))
   FILES[present]
else ""

这会让我们的生活变得非常困难，因为我怀疑这些功能是否存在任何问题。如果packagePath不符合您的预期，您可以再次使用recover帧编号提示返回system.file，这次输入debug(find.package)，以便您可以单步执行功能。在dirs之后检查paths和for (lib in lib.loc)，然后逐步查看后面的几个if。

如果这些都不起作用，并且您没有发现任何恶作剧（这对于逐步调试器的透明度非常困难），您可以尝试dump.frames并上传文件我们。我不确定它会有多大用处，因为即使我们安装相同的软件包，也可能存在路径问题，但值得一试。

最后，如果您不关心以上所有内容，那么有效的黑客就是：

trees_path <- ""
for(lib in .libPaths()) {
  trees_path <- system.file("examples", "trees.xml", lib.loc = lib, package="RNeXML", mustWork = FALSE)
  if (trees_path != "") break;
}
if (trees_path == "") stop("examples/trees.xml not found using any library paths")

R：有时system.file无法正常工作

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