如何在R-package中正确包含依赖项?

时间:2014-03-21 17:03:46

标签: r dependencies package

我现在正在尝试用几个小时在R中构建一个包,并且对我进展缓慢有点绝望。我很快就建立了一个没有依赖的包,一切正常。由于几个帖子中的建议,我使用R Studio,devtools和Roxygen2(在Windows上)。对于依赖项,我在检查时会遇到问题(例如使用devtools :: check()):

  

检查R代码中的依赖关系...注意Imports字段中的命名空间   未导入:'ggplot2'应使用所有声明的Imports。   请参阅“创建R”一章中有关DESCRIPTION文件的信息   'Writing R Extensions'手册的套餐。

此外,check()删除NAMESPACE中的import(ggplot2)行。如果我检查(document = F),它会给出一个未加载的digest包的隐秘错误。我读了'编写R扩展' - 1.1.3包依赖关系和Hadley的Wiki关于如何编写包,但无法解决我的问题。来自CRAN的其他R软件包的描述和NAMESPACE文件看起来与我的不同(对我而言)?

问题:我做错了什么?对于这样一个基本问题感到抱歉,但是在解释依赖关系之前,我到目前为止所看到的大部分分步教程都处于亏损状态。

到目前为止,我有3个文件:
说明:

Package: test
Type: Package
Title: Foo
Version: 1.0
Date: 2014-03-21
Author: Bar
Maintainer: Foo <bar@mail.com>
Description: Blubb
Imports:
    ggplot2
License: GPL-3

NAMESPACE:

export(is.equal.null)
import(ggplot2)

R-File:

#' Extension of compare to include NULLs
#'
#' Works as an extension to usual compare
#' Compares two basic objects which in addition to usual compare can be NULL
#' Intuitive output: TRUE if both are equal or NULL resp., FALSE if both are unequal or only one is NULL
#'
#' @param obj1 Basic object like \code{numeric, char, boolean, NULL}
#' @param obj2 Basic object like \code{numeric, char, boolean, NULL}
#' @keywords compare
#' @export
#' @examples
#' is.equal.null(5,5)  # TRUE
#' is.equal.null(5,NULL)  # FALSE
#' is.equal.null(NULL,NULL)  # TRUE
is.equal.null <- function(obj1, obj2) {
  # Small helper function to generalize comparison to comparison of NULL
  # returns TRUE if both are NULL, and FALSE if only one of the objects is NULL
  bool <- obj1==obj2 
  #qplot(obj1)
  if (length(bool)) return(bool)
  if (is.null(obj1) & is.null(obj2)) return(TRUE)
  return(FALSE)
}

1 个答案:

答案 0 :(得分:9)

您需要在两个位置声明导入:

  1. DESCRIPTION文件。你应该有一个类似于:

    的行
    Imports: ggplot2, pkg1, pkg2
    
  2. NAMESPACE文件。在这里,您声明所需的包

    import(ggplot2)
    

    或避免命名空间冲突

    importFrom(ggplot2, geom_point)
    

    您可以使用@import@importFrom代码获取roxygen2来维护NAMESPACE文件。

  3. 在您的示例中,您的DESCRIPTION文件看起来没问题,但您尚未向NAMESPACE添加必要的功能。