Question

我有一个文件a.pdb为

ATOM   3201  CD2 LEU A 337       7.734  18.538   6.979  0.00  0.00     0.000 C 
ATOM   3202  C   LEU A 337       5.169  14.358   7.663  0.00  0.00     0.206 C 
ATOM   3203  O   LEU A 337       4.123  14.537   8.395  0.00  0.00    -0.646 OA
ATOM   3204  OXT LEU A 337       5.124  13.563   6.672  0.00  0.00    -0.646 OA
HETATM 3206  CA  CA  A 338      18.241  31.994  15.308  0.00  0.00     0.000 CA 
HETATM 3207  CA  CA  A 339      16.703  30.240  22.272  0.00  0.00     0.000 CA

期望的输出：

ATOM   3201  CD2 LEU   337       7.735  18.538   6.979  0.00  0.00     0.000 C 
ATOM   3202  C   LEU   337       5.169  14.358   7.663  0.00  0.00     0.206 C 
ATOM   3203  O   LEU   337       4.122  14.537   8.395  0.00  0.00    -0.646 OA
ATOM   3204  OXT LEU   337       5.124  13.562   6.671  0.00  0.00    -0.646 OA
HETATM 3206  CA  CA    338      18.242  31.994  15.307  0.00  0.00     0.000 CA
HETATM 3207  CA  CA    339      16.703  30.240  22.272  0.00  0.00     0.000 CA

如何更换字母＆＃34; A＆＃34;在第22列或第5块有空格但保留a.pdb的格式？

Answer 1

使用awk：

awk '$0=substr($0,1,21) FS substr($0,23)' file

$ awk '$0=substr($0,1,21) FS substr($0,23)' file
ATOM   3201  CD2 LEU   337       7.734  18.538   6.979  0.00  0.00     0.000 C 
ATOM   3202  C   LEU   337       5.169  14.358   7.663  0.00  0.00     0.206 C 
ATOM   3203  O   LEU   337       4.123  14.537   8.395  0.00  0.00    -0.646 OA
ATOM   3204  OXT LEU   337       5.124  13.563   6.672  0.00  0.00    -0.646 OA
HETATM 3206  CA  CA    338      18.241  31.994  15.308  0.00  0.00     0.000 CA 
HETATM 3207  CA  CA    339      16.703  30.240  22.272  0.00  0.00     0.000 CA

Answer 2

您可以gsub使用awk来执行此操作...

awk '{gsub("A"," ",$5); print}' a.pdb

sed用空格替换列中的字符但保留格式

2 个答案: