Question

我似乎无法让R markdown / knitr在我的全球环境中看到/使用对象。

根据我的阅读，knitr应该使用全局环境作为标准，但我在代码块中包含的每个对象都会返回错误

## Error: object 'XXX' not found

我在这里错过了一些非常简单的东西吗？我是否需要首先从全局环境手动加载对象？

提前致谢

玛蒂

Answer 1

如果您已将对象保存到文件中，那么用于降价的一种干净方法如下：

if(file.exists("rfModel.Rda")){
  load("rfModel.Rda")} else {
modFit <- train(class~.,method="rf",data=train)
}

这有效地绕过了漫长的模型构建时间，只有在它不作为对象存在时才构建它，这样它才能保持可重复性。这类似于缓存的想法，但更通用的是恕我直言。

Answer 2

听起来您希望使用相同的代码来处理knitr和您的全局环境。在构建需要在构造期间进行测试的复杂Rmd文件时，这非常有用。

问题在于knitr在你按下knit时使用本地文件夹，而不是寻找项目主文件夹（即你的Rproj - 我假设你使用相对路径）。因此，当您运行代码时，它只适用于其中一个。解决这个问题的方法是使用项目文件夹的相对路径在您的Rmd中编写代码（就像在普通的R脚本中一样），并重定向knitr以使用项目主文件夹。为此，请在rmd脚本的顶部插入以下代码。

 ```{r setup, include=FALSE}
    library(knitr)

    dd <- getwd()
    knitr::opts_knit$set(root.dir  = paste0(dd,'/../../'))
    knitr::opts_chunk$set(cache.path = paste0(dd,'/cache/'))
    knitr::opts_chunk$set(fig.path = paste0(dd,'/figures/')) 

    ```

此代码执行以下操作：

首先，找到rmd的当前目录。
第二步，设置项目根目录。我保存我的文件两个文件夹，因此'/../../'，这将需要调整您的文件夹结构。
第三，您需要手动设置缓存文件夹路径，因为默认设置不再有效，因此缓存无法正常工作。
最后，对数字文件夹执行相同操作，同样需要覆盖默认值。

快乐的编码。

Knitr全球环境

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