比较文件和创建新文件

Question

我有一份成绩单清单

  

ENSMUST00000000001

     

ENSMUST00000000003

     

ENSMUST00000000010

     

...

和转录本的表达谱的数据集

  

ENSMUST00000000001 3536.80209 3663.638964 3200.659615 2865.602080 3295.721742

列表比数据集短。

我想创建一个新文件，其中包含第一个文件中所有脚本的表达式配置文件。任何有关shell或R的建议都将受到赞赏。

感谢。

Answer 1

grep -f file1 file2

其中file1是包含脚本列表的文件 和file2是包含转录本表达式配置文件数据集的文件

如果要求仅与file2的第1列进行比较：

awk 'NR==FNR{a[$1];next}($1 in a)' file1 file2

1. file1内容存储在数组a。
中
2. 对于file2中的每一行，如果数组a中存在第一列，则打印。

Answer 2

如果您需要R版本，例如在R中进行一些下游处理：

ListOfGenes <- read.table("file1")
Expression <- read.csv("file2", sep="/t", header=FALSE)
Datawish <- subset.data.frame(Expression, Expression$V1 %in% ListOfGenes)

我假设您的数据在两个文件中都没有标头。如果是，请对read csv和read table使用header = TRUE，而不是V1使用列名。