Question

我有一个文本文件如下。

>1KKW
IYLCAVLLIL
>1WY6
GSLLILKR
>1Z23
LTLQQVINLAFQ
>1ZQS

>2B25
AV
>2L3Z
LLIL
>2OPT

>3AZO
SFNVAKR

我想安排上面的文件，如下所示。我怎么能用awk做到这一点？非常感谢您的帮助！

期望的输出

1KKW     IYLCAVLLIL
1WY6     GSLLILKR
1Z23     LTLQQVINLAFQ
1ZQS     no residues
2B25     AV
2L3Z     LLIL
2OPT     no residues
3AZO     SFNVAKR

Answer 1

这是awk

awk 'NF {$2="\t"($2==""?"no residues":$2)} NF' RS=\> file
1KKW    IYLCAVLLIL
1WY6    GSLLILKR
1Z23    LTLQQVINLAFQ
1ZQS    no residues
2B25    AV
2L3Z    LLIL
2OPT    no residues
3AZO    SFNVAKR

这里我使用>作为记录选择器，因为它应该给出行的开头
如果$2使用$2

中没有数据，那么下一个数据将打印为"no residues"

Answer 2

$ awk '{printf "%s", ( sub(/^>/,"") ? $0"\t" : (NF?$0:"no residues")ORS )}' file
1KKW    IYLCAVLLIL
1WY6    GSLLILKR
1Z23    LTLQQVINLAFQ
1ZQS    no residues
2B25    AV
2L3Z    LLIL
2OPT    no residues
3AZO    SFNVAKR

Answer 3

这是一个多行sed解决方案......

命令：

sed -e '{
N
s/\n/\t/
s/>//g
s/\t$/\tno residues/g
}' text.txt

结果：

1KKW    IYLCAVLLIL
1WY6    GSLLILKR
1Z23    LTLQQVINLAFQ
1ZQS    no residues
2B25    AV
2L3Z    LLIL
2OPT    no residues
3AZO    SFNVAKR

更改文本文件的外观

3 个答案: