R生存包;根据日志（时间）绘制日志（-log（生存））

Question

我试图使用R生存包来生成log(-log(survival))对日志（时间）的图

_{（这有时被推荐用于目视检查加速寿命或比例危险特性的方法）。}

＆＃34; fun=cloglog＆＃34; plot.survfit中的选项无法产生我期望的结果。

使用＆＃34; gehan＆＃34;来自＆＃34; MASS＆＃34;的数据库：

首先，对于治疗组和对照组，这是一个简单的生存时间图：

> data(gehan)
> gehansurv=Surv(gehan$time, gehan$cens)
> plot(survfit(gehansurv ~ gehan$treat), col=c("black", "red"))

好到目前为止。现在，如果我使用fun=cloglog选项，plot.survfit的文档会让我觉得我会log(-log(survival))对log(time)得到一个情节：

  

乐趣

     

定义生存曲线变换的任意函数。例如fun = log   是绘制对数生存曲线的另一种方法（但是用log（S）标记的轴   （））和fun = sqrt将在平方根比例上生成曲线。四经常使用   转换可以使用字符参数来指定：＆＃34; log＆＃34;是相同的   使用log = T选项，＆＃34; event＆＃34;绘制累积事件（f（y）= 1-y），＆＃34; cumhaz＆＃34;绘制   累积危险函数（f（y）= -log（y））和＆＃34; cloglog＆＃34;创建一个免费的日志   生存图（f（y）= log（-log（y））以及x轴的对数标度）。

然而，当我尝试这个时，它似乎没有使用log(-log(y))函数，因为显示的曲线仍然在减少（因为原始生存曲线正在减少，所应用的{{1}函数是递减函数，结果f(y)=log(-log(y))曲线应该增加）。

此外，x轴未进行对数缩放：

log(-log(survival))

我可以通过定义自己的> plot(survfit(gehansurv ~ gehan$treat), col=c("black", "red"), fun=cloglog) 函数并使用log(-log())选项来获得我想要的内容：

log="x"

所以：上面我做错了什么（或者我如何误解> myfun=function(p){return(log(-log(p)))} > plot(survfit(gehansurv ~ gehan$treat), col=c("black", "red"), fun=myfun, log="x") 文档）？

补充问题：plot.survfit选项如何更改横轴上的缩放，因为文档声称"fun="会在"fun=cloglog"面对"fun"的参数为函数应用于垂直变量？

Answer 1

在plot.survfit的cloglog周围加上引号。

library(survival)
library(MASS)
data(gehan)
gehansurv=Surv(gehan$time, gehan$cens)
plot(survfit(gehansurv ~ gehan$treat), col=c("black", "red"), fun="cloglog")