剥离空格以外的空格

时间:2014-03-13 19:09:00

标签: python whitespace fasta

我发现自己有一个独特的问题。我需要解析一个文件,其中我需要将所有行放入一个字符串中,我通常使用str.strip(),但是我已经意识到每行的开头和结尾都有空格很重要值。是否有一种简单的方法可以去除除空格之外的所有空格?如果没有,那么从字符串中删除特定字符的好方法是什么,因为替代方法是对出现的所有类型的空白执行此操作。

这是有问题的文件。 http://www.rcsb.org/pdb/files/ss.txt

2 个答案:

答案 0 :(得分:4)

使用:

whitespace = "\r\n\t"
my_string.strip(whitespace)

或者,使用string模块:

import string
whitespace_except_space = string.whitespace.replace(" ", "")
my_string.strip(whitespace_except_space)

答案 1 :(得分:0)

您也可以使用unix实用程序执行此操作:     tr -d '\n' < seq.fa 只需使用选项-d&#39; whitespace-element&#39;你想要删除。