Question

我在我的领域面临挑战，我需要一些建议。

我有一个带树环的图像。

要查看我要使用的照片，您可以在我的保管箱中查看：https://dl.dropboxusercontent.com/u/65873264/Sample.jpg

我想编写一个宏/任务...程序将识别每个环并将其标记为ROI。我试图使用一些插件来完成这项任务：模板匹配，功能查找器和Visual grap。但那些戒指可能变化很大。

我需要的是：使用Analyze粒子功能程序识别阈值图像上的所有血管（物体）。第二步很有趣：对于每个粒子，它会检查是否存在0.5 mm范围内的粒子。如果是，它会创建一个ROI，包括两个粒子，并搜索0.5 mm范围内的下一个粒子......

有一种微妙的方法[http://imagej.1557.x6.nabble.com/combine-particles-in-ROI-manager-automatically-td3692844.html] 但这里宏首先计算两个连续粒子之间的差异，但我需要包括0.5毫米范围内的所有粒子。

Answer 1

以下ImageJ宏代码使用ImageJ中的Maximum和Minimum过滤器对示例图像中的粒子执行morphological closing operation，然后使用{{3从那些创建ROI：

open("https://dl.dropboxusercontent.com/u/65873264/Sample.jpg");
run("Duplicate...", "title=[Temporary Copy]");
run("8-bit");
setAutoThreshold("Default");
run("Analyze Particles...", "size=100-Infinity show=Masks clear include in_situ");
run("Maximum...", "radius=70");
run("Minimum...", "radius=70");
run("Analyze Particles...", "size=100-Infinity clear add");
selectWindow("Sample.jpg");
roiManager("Show All with labels");
roiManager("Show All");

自动识别的对象转移到Imagej中的ROI

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