基于功能聚类基因

Question

我们希望使用分层或k均值聚类，根据其功能将基因聚类在我们的数据集中。我们获得了每个基因的GO id，现在我们希望根据功能优先分层将它们分组。这意味着从底部（每个函数都是唯一的）到上层（我们有更多的通用/函数组）。我们正在编写R。

提前感谢您的帮助！

Answer 1

用户可以在两种情况之间进行差异表达分析，或者根据条件或时间点的表达来聚类基因。之后，可以在差异表达的基因组或聚类中寻找过多的GO术语。

您可能对GeneMania（http://www.genemania.org/）感兴趣 - 您可以输入将在网络中呈现的基因列表（有很多选项可用于定制和扩展）。此工具将再次为您提供在网络中丰富的GO术语。第二个感兴趣的工具是Gorilla（http://cbl-gorilla.cs.technion.ac.il/） - 这将显示GO层次结构本身，如果它们被丰富，GO术语会亮起。

Answer 2

k-means对于这类数据不是一个好主意。

相反，请查看此数据的专用算法，尤其是双聚类算法。