ggplot2 geom_jitter，颜色

Question

dotAW <- A_W_point
dotAW <- ggplot(dotAW,aes(x=AASW, y=WW, fill=taxa))  
dotAW <- dotAW  + geom_jitter(aes(color = taxa), size = 4)
dotAW <- dotAW  +geom_abline(intercept = 0, slope = 1)
dotAW <- dotAW + scale_y_continuous(limits=c(0,0.5)) + scale_x_continuous(limits=c(0,0.5))
dotAW

ggsave(dotAW, file="dotAW.pdf", width=12, height=10)

有了这个图，我想关联细菌分类群的相对丰度。我有一些问题要解决，我需要帮助

1）我想用例如+ scale_fill_hue（l = 45）或通过创建我自己的颜色矢量来改变颜色，但是我不知道将它放在脚本中的位置，颜色是以某种方式定义连接到geom_jitter的。最后，我希望每个分类单元的颜色和形状的单独组合，以便在图中区分它们比仅使用颜色更容易 2）我想在保存之前定义图的维度。我在哪里以及如何添加高度和宽度？
3）geom_jitter的使用是否正确？对我来说理解它的作用有点棘手。

这是指向数据的链接，遗憾的是我无法发布图片：http://goo.gl/8dZoAq

谢谢！

Answer 1

使用geom_jitter时，该点会在其确切位置绘制，但除此之外（上/下和/或右/左）。

我已将您的数据放入数据框df。然后你可以用：

创建你的情节

dotAW <- ggplot(df,aes(x=AASW, y=WW, color=taxa)) + 
  geom_point(shape = 20, size = 4, position = "jitter") +
  geom_abline(intercept = 0, slope = 1) + 
  scale_y_continuous(limits=c(-0.05,0.5)) + 
  scale_x_continuous(limits=c(-0.05,0.5)) +
  scale_color_hue()
dotAW

得出以下结果：

您可以使用scale_color_manual()手动设置颜色，如下所示：

scale_color_manual(values = c("Flavobacteriaceae"="red", "Oceanospirillales"="blue", "Gammaproteobacteria" = "green"))