计算每列的非零元素数

Question

R很新，我有一个.rda文件，其中包含基因ID矩阵和96列中每个ID的计数。它看起来像这样：

我想获得每列中非零项数量的单独计数。我一直在循环中尝试sum（）函数，但也许我不理解R中的循环语法。任何帮助表示赞赏。 谢谢！

森林

Answer 1

怎么样：

apply(your.matrix, 2, function(c)sum(c!=0))

这有帮助吗？

修改

更好：

colSums(your.matrix != 0)

编辑2：

这里我们以ya：

为例

> example = matrix(sample(c(0,0,0,100),size=70,replace=T),ncol=7)
> example
      [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
 [1,]    0  100    0    0  100    0  100
 [2,]  100    0    0    0    0    0  100
 [3,]    0    0    0    0    0    0  100
 [4,]    0  100    0    0    0    0    0
 [5,]    0    0  100  100    0    0    0
 [6,]    0    0    0  100    0    0    0
 [7,]    0  100  100    0    0    0    0
 [8,]  100    0    0    0    0    0    0
 [9,]  100  100    0    0  100    0    0
[10,]    0    0    0    0    0  100    0
> colSums(example != 0)
[1] 3 4 2 2 2 1 3

（新示例，前面带有'1'值的示例不适合显示我们正在对单元格的数字求和，而不是它们的内容）

Answer 2

使用plyr的{​​{1}}：

的另一种方法

numcolwise

Answer 3

其中x是列或向量；

length(which(x != 0))