如何只获取gam.check中的图

Question

在gam.check包中应用mgcv时，R会生成一些残差图和基本维度输出。有没有办法只生成图而不是打印输出？

library(mgcv)
set.seed(0)
dat <- gamSim(1,n=200)
b   <- gam(y~s(x0)+s(x1)+s(x2)+s(x3), data=dat)
plot(b, pages=1)
gam.check(b, pch=19, cex=.3)

Answer 1

有四个图，从左上角开始向下移动，我们有：

1. 残差的QQ图
2. 残差的直方图
3. 残差图与线性预测值
4. 观察值与拟合值的关系图。

在下面的代码中，我假设b包含您的拟合模型，根据您的示例。首先我们需要的一些东西

type <- "deviance"  ## "pearson" & "response" are other valid choices
resid <- residuals(b, type = type)
linpred <- napredict(b$na.action, b$linear.predictors)
observed.y <- napredict(b$na.action, b$y)

注意最后两行正在应用模型适用于NA和linear.predictors的信息时使用的y处理方法，即存储的响应数据副本。 / p>

以上代码和下面显示的代码全部在gam.check()来源的前10行中给出。要查看此内容，只需输入

即可

gam.check

在R提示符下。

每个情节如下：

QQ情节

这是通过qq.gam()生成的：

qq.gam(b, rep = 0, level = 0.9, type = type, rl.col = 2, 
       rep.col = "gray80")

残差直方图

这是使用

生成的

hist(resid, xlab = "Residuals", main = "Histogram of residuals")

残差与线性预测值

这是使用

生成的

plot(linpred, resid, main = "Resids vs. linear pred.", 
     xlab = "linear predictor", ylab = "residuals")

观察到的拟合值

这是使用

生成的

plot(fitted(b), observed.y, xlab = "Fitted Values", 
     ylab = "Response", main = "Response vs. Fitted Values")