R和ggpairs中用户定义的调色板

Question

我正在尝试使用来自ggpairs库中GGally的{​​{1}}散点图的其他调色板。请参阅similar question here。

library(ggplot2)
library(GGally)

作品

ggplot(iris, aes(x=Sepal.Width, colour=Species)) + stat_ecdf() + scale_color_brewer(palette="Spectral")

也有效

ggplot <- function(...) ggplot2::ggplot(...) + scale_color_brewer(palette="Spectral")
ggplot(iris, aes(x=Sepal.Width, colour=Species)) + stat_ecdf()

不起作用

ggplot <- function(...) ggplot2::ggplot(...) + scale_color_brewer(palette="Spectral")

ggpairs(iris, 
    columns=, c("Sepal.Length", "Sepal.Width", "Petal.Length", "Petal.Width"),
    colour='Species',
    lower=list(continuous='points'), 
    axisLabels='none',  
    upper=list(continuous='blank')
)

但添加

putPlot(p, ggplot(iris, aes(x=Sepal.Length, colour=Species)) + stat_ecdf(), 1,1)

以正确的颜色添加图表。

解决方法

之后我可以使用getPlot更改绘图，但这并不漂亮..

subplot <- getPlot(a, 2, 1) # retrieve the top left chart
subplotNew <- subplot + scale_color_brewer(palette="Spectral")
a <- putPlot(a, subplotNew, 2, 1)

如何更改ggpairs中散点图的颜色方案？更具体地说，我想手动定义颜色如此

scale_colour_manual(values=c("#FF0000","#000000", "#0000FF","#00FF00"))

谢谢！

Answer 1

这是一个有效的黑客：

ggplot <- function(...) ggplot2::ggplot(...) + scale_color_brewer(palette="Spectral")
unlockBinding("ggplot",parent.env(asNamespace("GGally")))
assign("ggplot",ggplot,parent.env(asNamespace("GGally")))

为ggplot函数指定新值时，它位于全局环境中。现在，GGally在加载时会导入包括ggplot在内的所有内容（不一定是这样）。此时，更改全局环境中的ggplot函数无效，因为来自GGally的导入具有优先权。相反，您需要更新ggplot上的GGally:imports功能。只有一个问题：一旦加载了包，它的绑定就会被锁定。但我们可以解锁它们（我猜这是不赞成的，因此将解决方案标记为黑客）。

有关更多信息，请参阅Replace definition of built-in function in R?下的Josh O'Brien的回答。

Answer 2

如stacksia所述（但也添加了scale_fill_brewer）

ggplot <- function(...) ggplot2::ggplot(...) + scale_color_brewer(palette="Spectral") + scale_fill_brewer(palette="Spectral")
unlockBinding("ggplot",parent.env(asNamespace("GGally")))
assign("ggplot",ggplot,parent.env(asNamespace("GGally")))

有关详情，请参阅Replace definition of built-in function in R?下的Josh O'Brien的回答。