Question

首先，我不是专业的程序员，但我必须为我的项目编写代码（虽然我对C ++和python有一定的熟练程度）。当我遇到困难时，我常常来到这里，大部分时间都是从这里得到了很好的解决方案，但现在我对MPI编程提出了基本的问题，否则在我知道它的概念之前我无法继续。

以下是我对问题的描述，

我想为科学计算的算法创建一个代码。代码可以分为两部分。

A。）矩阵向量乘法和矩阵求逆。这部分相对简单，我甚至有自己的工作MPI代码

B。）调用外部MPI就绪程序进行更复杂的计算（这部分也应该很简单，因为它只是调用UNIX命令行）。

我遇到的问题是如何将这两个部分连接在一起？我的算法是这样的，

for k in specified range
   dividing a state vector of size 6NMx1 into M blocks, let each of M nodes handle these.
   Manipulate a state vector of size 6NMx1 according to A.) in parallel
   After A.) is done, run B.) using M nodes in parallel /* THIS IS WHERE I GOT STUCK */
   Update state vector
end for

要运行B.），我必须使用mpirun来调用UNIX命令，

mpirun -np #PPN my_app > some_output

我的问题是，

'mpirun'实际上如何运作？它是否在调用时产生新进程？
假设我正在使用M群集计算节点，并且每个节点每个节点有16个处理器，如果我只使用该节点的1个进程来调用上述UNIX命令，它是否会再生成16个进程？如果是这样，我最终会运行256M进程，我是否正确？
我的主要目标是使用每个计算节点处理系统向量中的块（块是独立的，大小为6Nx1），并将使用每个块中的数字作为B的输入。）我正在工作对于集群，所以当我提交我的工作时，我必须预先定义节点数，并且我严格地希望每个节点也在A.）完成后并行运行B.）。有关如何使用MPI进行此操作的建议吗？有些人告诉我分别为A.）和B.）编写代码，并使用python脚本在顶层控制它们，所以看起来应该是......

Python脚本：

for k in specified range
   mpirun A.) --> This is straightforward for me
   mpirun B.)
end for

B的伪代码。）

/* THIS PROGRAM SHOULD HAVE 16M PROCESSES */
if rank % 16 == 0
   mpirun -np 16 my_app > output
end if
/* I WANT M CALLS TO THIS PROGRAM IN PARALLEL */
MPI_COMM.BARRIER

你认为这个方案将并行使用16M进程吗？）？如果有更好的方法来实现B.），或者甚至更好，将它包装在与A相同的代码中，请建议我！

3。）这是我的原型代码，所以我并不关心效率。我只是需要它才能工作，我稍后会关注优化。

如果我的描述令人困惑，请问我，我会回来澄清。感谢您的时间，我非常感谢您的帮助！：）

Answer 1

Mpirun只是一个命令，可以运行您在选项命令行中所需的作业数量，它可能会检测您拥有和使用的机器类型。

回答第二个问题很复杂，因为如果您使用的是具有多个节点的群集，则应该使用专用协议。例如，使用slurm，您可以通过sbatch协议运行程序，例如：

// number of proc on one node
#SBATCH -n 2
// number of node
#SBATCH -N 4

run ./a.out

这意味着您将在4个节点上运行程序，每个节点上有2个proc。

我真的不知道以下因为这对我来说有点迷惑，但也许你应该用别的东西重新考虑你的问题。如果您在节点内工作，则不需要MPI，但应使用openMP。

如果您使用的是非共享内存，则需要使用MPI，而不是这种情况。

我希望它能帮助你完成工作。

MPI新手 - 关于'mpirun'如何运作和流程管理的一些问题

1 个答案: