Question

我需要解压缩.gz文件并将其存储在变量中，以便稍后使用。所以，我的想法是生成* .fastq.gz文件，我需要解压缩它们并保留* .fastq文件。然后，我想将其名称存储在变量中，因此我可以调用该文件进行进一步处理。

这里有我正在执行的代码：输入：$ file.fastq.gz 其中$ file是文件的名称（它会更改，因为此代码在循环中）

reads=$(gunzip $file.fastq)
echo $reads

有人知道这段代码有什么问题吗？为什么它不产生任何输出并且程序保持在那一点？非常感谢你！ ;）

Answer 1

如果输入文件为$file.fastq.gz，则生成的输出文件只是删除了.gz扩展名的文件。

gunzip "$file.fastq.gz" & gunzip_pid=$!
reads="$file.fastq"
# Do some more work that doesn't depend on the contents of $file.fastq
# ...
wait $gunzip_pid || { echo "Problem with gunzip"; exit; }
# Do something with the now-complete $file.fastq here

（对错误解释的问题的原始答案，保存为有用的非查询者。）

您需要告诉gunzip将未压缩的流写入标准输出，而不是将文件解压缩到原位。

reads=$(gunzip -c "$file.fastq.gz") || { echo "Problem with gunzip; exit; }
echo "$reads"

Answer 2

1）读= $（gunzip $ file.fastq）＆lt; ---首先你应该在.gz文件上做你的gunzip

2）echo $ reads - 您无法将未压缩的文件存储在变量中..因此您不能指望变量读取具有未压缩文件的名称。

你应该使用

gunzip $file.fastq.gz
if [[ $? -eq 0 ]]
then 
    reads="$file.fastq"
fi

或者Charles

建议的更短的语法

if gunzip $file.fastq.gz
then 
    reads="$file.fastq"
fi

Answer 3

使用zcat：

 reads=$(zcat $file.fastq)

bash解压缩gz并存储在变量中

3 个答案: