Question

我在 de novo 转录组装配上运行blastx。虽然该程序仍在运行，但我一直在收到如下错误：

Error: (1431.1) FASTA-Reader: Warning: FASTA-Reader: Title is very  long: 1127 characters (max is 1000)

......以及其他角色数量不同的人。我在网上搜索了这个特定的错误，但我似乎没有找到任何关于它的信息。我希望有人碰到它可以帮助我理解它的意义，特别是，如果我应该停止运行并从不同的参数开始或对我的组件进行一些更改。

Answer 1

我在ncbi-blast-2.2.29 +版本中遇到了同样的问题。然后，我使用旧版本（2.2.25+）并且makeblastdb对我很好，没有这两个消息错误：

错误：（1431.1）FASTA-Reader：警告：FASTA-Reader：标题很长：1141个字符（最多1000个）

错误：（1431.1）FASTA-Reader：警告：FASTA-Reader：忽略找到的FASTA修饰符，因为输入预计没有。

嗯，您也可以使用旧版本，直到开发人员解决问题。

Answer 2

你有没有想过这个？我遇到了与Trinity程序集生成的fasta文件相同的问题。 fasta文件没有任何改变，所以我不确定为什么会出现问题。我做了一些研究，发现产生这个错误的源代码：

void CFastaReader::ParseTitle(
00848     const SLineTextAndLoc & lineInfo, IMessageListener * pMessageListener)
00849 {
00850     const static size_t kWarnTitleLength = 1000;
00851     if( lineInfo.m_sLineText.length() > kWarnTitleLength ) {
00852         FASTA_WARNING(lineInfo.m_iLineNum,
00853             "FASTA-Reader: Title is very long: " << lineInfo.m_sLineText.length()
00854             << " characters (max is " << kWarnTitleLength << ")",
00855             ILineError::eProblem_TooLong, "defline");
00856     }

此代码位于：enter link description here

Answer 3

我最终使用一行代码来解析fasta标题中的无关信息：

sed -e 's/>* .*$//' original.fasta > truncated.fasta

但我建议首先在测试文件上执行此操作，因为您的标题很可能与我的标题不同。

感谢指针！

错误：（1431.1）FASTA-Reader：警告：FASTA-Reader：标题很长：1127个字符（最大值为1000）

3 个答案: