在mcl集群期间保留实例ID

Question

我正在尝试使用mcl对点进行聚类。这些点采用指数ind（例如ind = [4,54,3等]）。我将图形转换为.abc格式并将mcl应用于此文件（遵循micans提供的说明）。输出使用规范域为我提供了聚类（也就是说，对于上面的示例，3将由0,4表示，54表示3）。有没有办法使用我在输入中给出的索引来获取输出？

Answer 1

这是基本工作流程，使用abc格式的示例文件名“f.abc”：

mcxload -abc f.abc --stream-mirror -o f.mci -write-tab f.tab
mcl f.mci
mcxdump -icl out.f.mci.I20 -tabr f.tab -o dump.f.mci.I20

文件dump.f.mci.I20现在应该包含'abc'文件中使用的标签。 但是，如果你只是做

mcl f.abc --abc

然后你应该得到完全相同的结果，尽管现在在（默认输出）文件out.f.abc.I20中。默认情况下，mcl假设一个'mcl图形文件'（在文档中，这通常称为矩阵格式或称为矩阵文件，因为图形和稀疏矩阵在mcl软件中是相同的）。你可以用 abc 格式给 mcl 一个文件，但是它不会自己弄清楚格式是不同的，因此使用了--abc选项。