Question

如果找到或不找到字符串，我想只打印'+'o' - '符号。基本上，我有两个文件：

输入文件1（制表符分隔）：

HPNK_00457
HPNK_00458
HPNK_00459

输入文件2（制表符分隔）：

HPNK_00457  AAA50325    1e-43   437 28  43  83  ATP-binding protein.
HPNK_00458  P25256  8e-43   429 28  43  82  RecName: Full=Tylosin resistance ATP-binding protein tlrC.
HPNK_00458  CAM96590    1e-42   429 27  42  87  ABC transporter ATP-binding protein [Streptomyces ambofaciens].

所需的输出（制表符分隔，维护文件1中字符串的顺序）：

HPNK_00457 +
HPNK_00458 +
HPNK_00459 -

这是我一直在使用的，但需要更新：

while read vl; do grep "^$vl      " file2 || printf -- "- -\n" ; done < file1

谢谢，试着每天都在这里学习。

Answer 1

这是使用awk的一种方式：

awk 'FNR==NR { a[$1]; next } { print $1, ($1 in a ? "+" : "-" ) }' file2 file1

结果：

HPNK_00457 +
HPNK_00458 +
HPNK_00459 -

Answer 2

您可以使用：

while read -r line
do
    grep -q "$line" f2 && echo "$line +" || echo "$line -"
done < f1

如果grep -q匹配某些内容，则只返回true，在这种情况下，我们会打印文件名+ +，否则，我们会打印文件名+ -。

它返回：

$ while read -r line; do grep -q "$line" f2 && echo "$line +" || echo "$line -"; done < f1
HPNK_00457 +
HPNK_00458 +
HPNK_00459 -

Answer 3

perl -lane'
  BEGIN{ $, ="\t"; $x=shift; @h{ map /(\S+)/, <> } =(); @ARGV=$x }
  print @F, exists $h{$F[0]} ? "+" : "-";
' file1 file2

输出

HPNK_00457      +
HPNK_00458      +
HPNK_00459      -

Answer 4

这是算法：

读取文件2.对于每一行，
获取第一个字
将其存储在哈希值中。
读取文件1.对于每一行，选择它，然后
print $ hash {$ _}？ '+'：' - '

我可以为你编写代码，但如果你想每天学习，如果你想自己写一下这将是一个有用的练习。

Answer 5

这个简单的Perl脚本应该完成工作

#!/usr/local/bin/perl
## f1 and f2 are the 2 files containing your input data
open FILE1, f1;
open FILE2, f2;

@file1data = <FILE1>;
@file2data = <FILE2>;

my $row = 0;
foreach $data (@file1data) {
        chomp($data);
        if (grep (/$data/,$file2data[$row]) ) {
                print $data . " " . "+\n";
        }
        else {
                print $data . " " . "-\n";
        }
        $row++;
}

Answer 6

awk 'FNR==NR
     {a[$1];next}
     {b[$1]}
     END{
     for(i in a)
     if(b[i]){print i,"+"}
     else{print i,"-"}
     }' file1 file2

如果字符串匹配，则仅打印'+'或' - '（两个文件）

6 个答案: