Question

我正在尝试自动运行程序，使用和期望脚本，但我做错了。我当前目录中有一堆文件遵循以下命名约定：

file_name-hereROI.txt
file_name-hereFR.txt
file1_name-hereROI.txt
file1_name-hereFR.txt
file_name1-hereROI.txt
file_name1-hereFR.txt
file_name-here1ROI.txt
file_name-here1FR.txt

我想做的是在每一对上运行一个程序。因此，如果“ROI”或“FR”之前的字符串相同，则应通过水进行比较。我写了：

  1 #/usr/bin/expect
  2 for f in *ROI.fasta
  3 do
  4   for f2 in *FR.fasta
  5   do
  6     fROI=$(echo $f | cut -d'ROI' -f 1)
  7     f2ROI=$(echo $f2 | cut -d'FR' -f 1)
  8     if [$fROI == $f2ROI]
  9     then
 10       spawn water f f2
 11       expect "Gap opening penalty [10.0]:"
 12       send "\n"
 13       expect "Gap extension penalty [0.5]:"
 14       send "\n"
 15       expect "Output alignment"
 16       send "\n"
 17       close
 18     fi
 19   done < ls
 20 done < ls

但我并没有走得太远。我有这个错误：

$ expect water.sh 
wrong # args: should be "for start test next command"
    while executing
"for f in *ROI.fasta"
    (file "water.sh" line 2)

Answer 1

我认为你在bash和Tcl / Expect表示法之间混淆了。

Expect是Tcl的扩展，所以如果你要用Expect解释你的脚本，你需要使用Tcl的构造。

对于初学者，您需要使用Tcl的“for”循环documented here。

有关所需的其他条件（如果，等等），请参阅Tcl文档的其余部分。

Answer 2

foreach f [glob *ROI.txt] {
    set f2 "[string range $f 0 [expr {[string length $f] - 8}]]FR.txt"
    if {[file exists $f2]} {
        spawn water $f $f2
        # ...
    }
}

避免硬编码“8”

set suffix "ROI.txt"
set new_suffix "FR.txt"
foreach f [glob *$suffix] {
    set prefix [regsub "$suffix\$" $f ""]
    # or
    set idx [string last $suffix $f]
    set prefix [string range $f 0 [incr idx -1]]

    set f2 $prefix$new_suffix
    # ...
}

Expect Script：运行两个名称相似的文件

2 个答案: