Question

我是编程新手，主要是我能在R中做一些脚本，但对于我的工作，我需要调用一个外部程序。要使这个程序在ubuntu的终端上工作，我必须首先使用setenv，然后执行程序。谷歌搜索我发现了system（）和Sys.setenv（）函数，但不幸的是我可以使它发挥作用。

这是在ubuntu终端中运行的代码：

$ export PATH=/home/meme/bin:$PATH
$ mast "/home/meme/meme.txt" "/home/meme/seqs.txt" -o "/home/meme/output" -comp

如果前两个参数是输入文件，则-o参数是输出目录，-comp是程序运行的另一个参数。

我需要在R中执行此操作，尽管它已在终端中运行，因为我需要使用1000个不同的文件运行程序1000次，所以我想创建一个for循环，其中输入名称在每个循环中都会更改然后分析R中的每个输出。

我已经尝试过使用：

Sys.setenv(PATH="/home/meme/bin"); system(mast "/home/meme/meme.txt" "/home/meme/seqs.txt" -o "/home/meme/output" -comp )

和

system(Sys.setenv(PATH="/home/meme/bin") && mast "/home/meme/meme.txt" "/home/meme/seqs.txt" -o "/home/meme/output" -comp )

但总是收到：

Error: unexpected constant string in "system(mast "/home/meme/meme.txt""

或

Error: unexpected symbol in "system(Sys.setenv(PATH="/home/meme/bin") && mast "/home/meme/meme.txt""

此时我已经没有想法让这项工作成功。如果这已经得到了回答，那么我的谷歌搜索功能一直很差，我希望能够回复任何链接。

非常感谢你的时间。

卡洛斯

其他详情：

我使用Ubuntu 12.04 64位版本，RStudio版本0.97.551，R版本3.0.2（2013-09-25） - “Frisbee Sailing”平台：x86_64-pc-linux-gnu（64位）。我使用的程序（MAST）在字母列表中找到序列模式，并且是http://meme.nbcr.net/meme/doc/meme-install.html中找到的MEME SUIT版本4.9.1的一部分，并通过命令行运行。 mast的命令行用法是：

mast    <motif file> <sequence file> [options]

Answer 1

使用paste构建要执行的字符串，并将其提供给system：

for(i in 1:10){
cmd=paste("export FOO=",i," ; echo \"$FOO\" ",sep='')
system(cmd)
}

请注意使用sep=''来阻止paste将空格放入，并在字符串中引用引号以保留它们。

使用print(cmd)代替system(cmd)进行测试，以确保您正在构建正确的命令。也许这样做：

if(TESTING){print(cmd)}else{system(cmd)}

并在运行前在R中设置TESTING=TRUE或FALSE。

如果要在每个system调用中运行多个shell命令，最好将它们全部放在一个shell脚本文件中并调用它来代替，从R中传递参数。例如：< / p>

cmd = paste("/home/me/bin/dojob.sh ",i,i+1)
system(cmd)

然后dojob.sh是一个解析args的shell脚本。你需要学习更多的shell脚本。

使用系统中的多个命令从R调用外部程序

1 个答案: