Question

我想在标准的ascii csv文件中读入numpy，它由浮点数和字符串组成。

如，

ZINC00043096,C.3,C1,-0.1540,methyl
ZINC00043096,C.3,C2,0.0638,methylene
ZINC00043096,C.3,C4,0.0669,methylene
ZINC00090377,C.3,C7,0.2070,methylene
...

无论我尝试什么，结果数组看起来都像

，例如，

all_data = np.genfromtxt(csv_file, dtype=None, delimiter=',')


[(b'ZINC00043096', b'C.3', b'C1', -0.154, b'methyl')
 (b'ZINC00043096', b'C.3', b'C2', 0.0638, b'methylene')
 (b'ZINC00043096', b'C.3', b'C4', 0.0669, b'methylene')

但是，我想为字节字符串转换保存一个步骤，并想知道如何直接在字符串列中读取常规字符串。

我尝试了numpy.genfromtxt（）文档中的一些内容，例如dtype='S,S,S,f,S'或dtype='a25,a25,a25,f,a25'，但这里没有任何帮助。

我很害怕，但我想我只是不明白dtype转换是如何工作的......如果你能在这里给我一些暗示会很好！

由于

Answer 1

在Python2.7中

array([('ZINC00043096', 'C.3', 'C1', -0.154, 'methyl'),
       ('ZINC00043096', 'C.3', 'C2', 0.0638, 'methylene'),
       ('ZINC00043096', 'C.3', 'C4', 0.0669, 'methylene'),
       ('ZINC00090377', 'C.3', 'C7', 0.207, 'methylene')], 
      dtype=[('f0', 'S12'), ('f1', 'S3'), ('f2', 'S2'), ('f3', '<f8'), ('f4', 'S9')])

在Python3中

array([(b'ZINC00043096', b'C.3', b'C1', -0.154, b'methyl'),
       (b'ZINC00043096', b'C.3', b'C2', 0.0638, b'methylene'),
       (b'ZINC00043096', b'C.3', b'C4', 0.0669, b'methylene'),
       (b'ZINC00090377', b'C.3', b'C7', 0.207, b'methylene')], 
      dtype=[('f0', 'S12'), ('f1', 'S3'), ('f2', 'S2'), ('f3', '<f8'), ('f4', 'S9')])

Python3中的“常规”字符串是unicode。但是你的文本文件有字节字符串。 all_data在两种情况下都是相同的（136字节），但Python3显示字节字符串的方式是b'C.3'，而不仅仅是'C.3'。

您计划使用这些字符串进行哪些操作？ 'ZIN' in all_data['f0'][1]适用于2.7版本，但在3中您必须使用b'ZIN' in all_data['f0'][1]。

Variable/unknown length string/unicode dtype in numpy 提醒我，您可以在dtype中指定unicode字符串类型。但是，如果您事先不知道字符串的长度，这会变得更加复杂。

alttype = np.dtype([('f0', 'U12'), ('f1', 'U3'), ('f2', 'U2'), ('f3', '<f8'), ('f4', 'U9')])
all_data_u = np.genfromtxt(csv_file, dtype=alttype, delimiter=',')

制造

array([('ZINC00043096', 'C.3', 'C1', -0.154, 'methyl'),
       ('ZINC00043096', 'C.3', 'C2', 0.0638, 'methylene'),
       ('ZINC00043096', 'C.3', 'C4', 0.0669, 'methylene'),
       ('ZINC00090377', 'C.3', 'C7', 0.207, 'methylene')], 
      dtype=[('f0', '<U12'), ('f1', '<U3'), ('f2', '<U2'), ('f3', '<f8'), ('f4', '<U9')])

在Python2.7中，all_data_u显示为

(u'ZINC00043096', u'C.3', u'C1', -0.154, u'methyl')

all_data_u是448个字节，因为numpy为每个unicode字符分配4个字节。每个U4项长度为16个字节。

v 1.14中的变化：https://docs.scipy.org/doc/numpy/release.html#encoding-argument-for-text-io-functions

Answer 2

np.genfromtxt(csv_file, dtype='|S12', delimiter=',')

或者您可以使用usecols参数选择您知道的字符串：

np.genfromtxt(csv_file, dtype=None, delimiter=',',usecols=(0,1,2,4))

Answer 3

在python 3.6中，

all_data = np.genfromtxt(csv_file.csv, delimiter=',', dtype='unicode')

工作正常。

genfromtxt（）中的NumPy dtype问题，以字节字符串形式读取字符串

3 个答案: