Question

我正在尝试编写一个使用libhdf5的matlab mex函数;我的Linux安装提供了libhdf5-1.8共享库和头文件。但是，我的Matlab版本r2007b提供了1.6版本的libhdf5.so。（Matlab .mat文件引导程序hdf5，显然）。当我编译mex时，它在Matlab中会出现段错误。如果我将我的libhdf5版本降级为1.6（不是长期选项），则代码编译并运行正常。

问题：我该如何解决这个问题？如何告诉mex编译过程链接/usr/lib64/libhdf5.so.6而不是/opt/matlab/bin/glnxa64/libhdf5.so.0？当我尝试在编译中使用-Wl,-rpath-link,/usr/lib64执行此操作时，会出现以下错误：

/usr/lib/gcc/x86_64-pc-linux-gnu/4.3.4/../../../../x86_64-pc-linux-gnu/bin/ld: warning: libhdf5.so.0, needed by /opt/matlab/matlab75/bin/glnxa64/libmat.so, may conflict with libhdf5.so.6
/usr/lib/gcc/x86_64-pc-linux-gnu/4.3.4/../../../../lib64/crt1.o: In function `_start':
(.text+0x20): undefined reference to `main'
collect2: ld returned 1 exit status

    mex: link of 'hdf5_read_strings.mexa64' failed.

make: *** [hdf5_read_strings.mexa64] Error 1

ACK。最后一种方法是下载hdf5-1.6.5标题的本地副本并完成它，但这不是未来的证明（Matlab版本升级是我的未来。）。任何想法？

编辑：根据Ramashalanka的优秀建议，我

A）调用mex -v来获取3 gcc个命令;最后一个是链接器命令;

B）调用带有-v的链接器命令来获取collect命令;

C）称collect2 -v -t和其他旗帜。

我的输出的相关部分：

/usr/bin/ld: mode elf_x86_64
/usr/lib/gcc/x86_64-pc-linux-gnu/4.3.4/../../../../lib64/crti.o
/usr/lib/gcc/x86_64-pc-linux-gnu/4.3.4/crtbeginS.o
hdf5_read_strings.o
mexversion.o
-lmx (/opt/matlab/matlab75/bin/glnxa64/libmx.so)
-lmex (/opt/matlab/matlab75/bin/glnxa64/libmex.so)
-lhdf5 (/usr/lib/gcc/x86_64-pc-linux-gnu/4.3.4/../../../../lib64/libhdf5.so)
/lib64/libz.so
-lm (/usr/lib/gcc/x86_64-pc-linux-gnu/4.3.4/../../../../lib64/libm.so)
-lstdc++ (/usr/lib/gcc/x86_64-pc-linux-gnu/4.3.4/libstdc++.so)
-lgcc_s (/usr/lib/gcc/x86_64-pc-linux-gnu/4.3.4/libgcc_s.so)
/lib64/libpthread.so.0
/lib64/libc.so.6
/lib64/ld-linux-x86-64.so.2
-lgcc_s (/usr/lib/gcc/x86_64-pc-linux-gnu/4.3.4/libgcc_s.so)
/usr/lib/gcc/x86_64-pc-linux-gnu/4.3.4/crtendS.o
/usr/lib/gcc/x86_64-pc-linux-gnu/4.3.4/../../../../lib64/crtn.o

因此，实际上正在引用来自libhdf5.so的{{1}}。但是，我相信这是由环境变量/usr/lib64覆盖的，我的Matlab版本在运行时自动设置，因此它可以找到自己的版本，例如LD_LIBRARY_PATH等等。

我认为libmex.so示例或者b / c它不使用我正在使用的函数（crt_file.c，它在从1.6到1.8的移动中有一个签名变化（是的，我正在使用H5DOpen）），或者，不太可能，b / c它没有达到需要hdf5的Matlab内部部分。 ACK。

Answer 1

以下内容适用于我的系统：

安装hdf5版本1.8.4（你已经完成了这个：我安装了源代码并进行了编译以确保它与我的系统兼容，我获得了gcc版本并获得了静态库 - 例如为我的系统提供的二进制文件是icc特定的。
制作目标文件。您已拥有自己的文件。我使用了来自here的简单h5_crtfile.c（最好先从这个简单的文件开始查看警告）。我使用通常的参数将main更改为mexFunction并包含mex.h。
指定要显式加载的静态 1.8.4库（必须没有-L的完整路径），并且不要在-lhdf5中包含LDFLAGS {1}}。包含-t选项，以确保没有加载动态hdf5库。您还需要安装-lz的{{1}}。对于达尔文，我们还需要zlib中的-bundle：
```
LDFLAGS
```
对于Linux，您需要一个等效的与位置无关的调用，例如mex CFLAGS='-I/usr/local/hdf5/include' LDFLAGS='-t /usr/local/hdf5/lib/libhdf5.a -lz -bundle' h5_crtfile.c -v也许fPIC，但我没有带有matlab许可证的linux系统，所以我无法检查：
```
-shared
```
运行mex CFLAGS='-fPIC -I/usr/local/hdf5/include' LDFLAGS='-t /usr/local/hdf5/lib/libhdf5.a -lz -shared' h5_crtfile.c -v mex文件。这在我的机器上运行没有问题。它只是在当前目录中创建一个H5Fcreate和H5Fclose来创建“file.h5”，当我调用h5_crtfile时，我得到file file.h5。

请注意，如果我在步骤3中包含file.h5: Hierarchical Data Format (version 5) data，那么当我尝试运行可执行文件时，matlab就会中止（因为它然后使用了matlab的动态库，对我来说是版本1.6.5），所以这是肯定解决了我系统上的问题。

感谢您的提问。对我来说，上面的解决方案对我来说比以前更容易。希望上述内容适合您。

Answer 2

我接受Ramashalanka的答案，因为它引导我找到确切的解决方案，我将在此处仅为了完整性而发布：

从hdf5网站下载hdf5-1.6.5库，并将头文件安装在本地目录中;
告诉mex在本地目录中查找“hdf5.h”，而不是在标准位置（例如/usr/include）。）
告诉mex编译我的代码和matlab提供的共享对象库，并且 not 使用-ldfh5中的LDFLAGS标志。

我使用的命令基本上是：

/opt/matlab/matlab_default/bin/mex -v CC#gcc CXX#g++ CFLAGS#"-Wall -O3 -fPIC -I./hdf5_1.6.5/src -I/usr/include -I/opt/matlab/matlab_default/extern/include" CXXFLAGS#"-Wall -O3 -fPIC -I./hdf5_1.6.5/src -I/usr/include -I/opt/matlab/matlab_default/extern/include " -O -lmwblas -largeArrayDims -L/usr/lib64 hdf5_read_strings.c /opt/matlab/matlab_default/bin/glnxa64/libhdf5.so.0

这被mex翻译成命令：

gcc -c -I/opt/matlab/matlab75/extern/include -DMATLAB_MEX_FILE -Wall -O3 -fPIC -I./hdf5_1.6.5/src -I/usr/include -I/opt/matlab/matlab_default/extern/include -O -DNDEBUG hdf5_read_strings.c
gcc -c -I/opt/matlab/matlab75/extern/include -DMATLAB_MEX_FILE -Wall -O3 -fPIC -I./hdf5_1.6.5/src -I/usr/include -I/opt/matlab/matlab_default/extern/include -O -DNDEBUG /opt/matlab/matlab75/extern/src/mexversion.c
gcc -O -pthread -shared -Wl,--version-script,/opt/matlab/matlab75/extern/lib/glnxa64/mexFunction.map -Wl,--no-undefined -o hdf5_read_strings.mexa64  hdf5_read_strings.o mexversion.o  -lmwblas -L/usr/lib64 /opt/matlab/matlab_default/bin/glnxa64/libhdf5.so.0 -Wl,-rpath-link,/opt/matlab/matlab_default/bin/glnxa64 -L/opt/matlab/matlab_default/bin/glnxa64 -lmx -lmex -lmat -lm -lstdc++

这个解决方案应该适用于我所有的各种目标机器，至少在升级到matlab r2009a之前，我认为它使用的是hdf5-1.8。感谢所有的帮助，抱歉这么密集 - 我想我过于致力于使用hdf5的打包版本，而不是本地的头文件集。

请注意，如果Mathworks提供了一组带有Matlab分发的头文件，那么这一切都是微不足道的......

matlab mex文件的共享库位置：

2 个答案: