我在GitHub上有一个存储库，其中包含master分支和gh-pages分支。为了进行更改，我一直在分析master，进行一系列提交，然后在我对更改感到满意时将它们合并到主服务器中。 gh-pages分支对应于演示项目的网站。将更改合并到master后，我将其合并到gh-pages并相应地更新index.html。
此当前工作流程一直很好，但我现在正努力让master和gh-pages分支更加清晰。例如，当我将master合并到gh-pages以更新css文件时，我不希望CONTRIBUTING.md文件也被转移到该分支。它只属于master分支。同样，如果我要将index.html的更改从gh-pages合并到master，我不希望将CNAME文件转移到其中。
基本上，我有两个分支，其中包含许多我希望保持同步的文件，但也分别包含独有的文件。是否有更好的工作流程可用于保持这些主文件同步，同时保持其不同的文件？
修改：这个问题的另一种方式是：Bootstrap和React这样的开源项目如何保留源代码（lib，{{ 1}}等。）在其他文件只在一个或另一个文件中出现（并被维护）时，会在分支中同步吗？