Question

我有以下for循环：

for p in 3UTR 5UTR coding_genic genic non_synonymous reg synonymous
do
    for i in 1 2 3 
    do
        qsub compute.job -v VAR1="$i", VAR2="$p"
    done    
done

因此在另一个for循环中嵌入了一个for循环。目标是运行“qsub”命令（将作业提交到集群计算机），其中“compute.job”中的“VAR1”变量替换为1,2或3，并且“VAR2”变量替换为由p。

表示的字符串之一

这部分工作正常：

        for i in 1 2 3 
        do
            qsub compute.job -v VAR1="$i", VAR2="$p"
        done

但是添加另一个for循环不会......关于这里可能出错的任何想法？（我怀疑它与琴弦有关......）

非常感谢！

Answer 1

我怀疑逗号后面不应该有空格：

qsub compute.job -v VAR1="$i",VAR2="$p"

实际的p和i变量设置完好，我用回声检查。

Answer 2

什么不起作用？

$ cat ff 
for p in 3UTR 5UTR coding_genic genic non_synonymous reg synonymous
do
    for i in 1 2 3 
    do
        echo "qsub compute.job -v VAR1=\"$i\", VAR2=\"$p\""
    done    
done
$ ./ff 
qsub compute.job -v VAR1="1", VAR2="3UTR"
qsub compute.job -v VAR1="2", VAR2="3UTR"
qsub compute.job -v VAR1="3", VAR2="3UTR"
qsub compute.job -v VAR1="1", VAR2="5UTR"
qsub compute.job -v VAR1="2", VAR2="5UTR"
qsub compute.job -v VAR1="3", VAR2="5UTR"
qsub compute.job -v VAR1="1", VAR2="coding_genic"
qsub compute.job -v VAR1="2", VAR2="coding_genic"
qsub compute.job -v VAR1="3", VAR2="coding_genic"
qsub compute.job -v VAR1="1", VAR2="genic"
qsub compute.job -v VAR1="2", VAR2="genic"
qsub compute.job -v VAR1="3", VAR2="genic"
qsub compute.job -v VAR1="1", VAR2="non_synonymous"
qsub compute.job -v VAR1="2", VAR2="non_synonymous"
qsub compute.job -v VAR1="3", VAR2="non_synonymous"
qsub compute.job -v VAR1="1", VAR2="reg"
qsub compute.job -v VAR1="2", VAR2="reg"
qsub compute.job -v VAR1="3", VAR2="reg"
qsub compute.job -v VAR1="1", VAR2="synonymous"
qsub compute.job -v VAR1="2", VAR2="synonymous"
qsub compute.job -v VAR1="3", VAR2="synonymous"

unix：for循环使用字符串

2 个答案: