Question

我正在尝试使用runjags包运行JAGS并生成自定义绘图 - 更改链的颜色（完整的模型代码在问题https://stats.stackexchange.com/q/62006/5509中）：

require("runjags")
out2 <- run.jags("Poisson.OD.t.test.txt", params, win.data, nc, inits,
      nb*4/5, ni, nb*1/5)
plot(out2, layout = c(4, 2))

但似乎无法改变绘图参数。在 ?runjagsclass他们写道：

绘图方法生成痕迹和密度图（注意这些是预先绘制并存储在runjags对象内，所以通常的选项格子或绘图功能不可用。）

这似乎已经在run.jags电话中制作了这些情节！但这似乎也不允许改变情节选项。

问题：

如何更改绘图参数，如链颜色？
为什么他们已经在run.jags创建了情节？通常设计良好的应用程序将逻辑（模型计算）和输出分开。这有什么特别的原因吗？

Answer 1

通常，runjags类对象的最大元素是继续模型所需的数据和RNG状态。除非这些存储在类中，否则没有办法在不需要额外参数的情况下继续它。但是，当您监视大量变量时，有时预制图也非常大 - 在这些情况下，您可以通过为原始运行指定plots = FALSE来消除所有图（以及相关的存储问题）。 jags（）调用。或者，您可以使用（如您所料）as.mcmc.list（）将runjags对象剥离为一个简单的MCMC列表对象。

所以回答你的问题： 1）首先使用as.mcmc.list（），然后使用您想要的这些链上的任何特定图 2）我当时做出的设计决定是预先创建所有这些图（在减薄的MCMC链上以最小化存储问题），以便减少打印它们所需的时间，从而使我通常的收敛诊断图想快点看看就近在咫尺。这些并非真正（如帮助文件中所述）用于除收敛诊断之外的任何其他内容。在未来，我可能会考虑动态生成绘图的其他方法（使用现有的S3方法），因为存储绘图的代码非常陈旧且可能已过时，但它始终是速度与存储的折衷。就我的目的而言，速度几乎总是胜出（我很不耐烦）。

设置runjags图的选项

问题：

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