Question

有没有办法用GGplot2生成Bland-Altman图？

我已经看过使用methcomp但似乎无法将我的数据导入Meth对象

library(MethComp)

comp <- read.csv("HIVVL.csv")
com <- data.frame(comp)
co <- Meth(com)

with(co, BA.plot(Qiagen, Abbot))

继续遇到错误

comp <- read.csv("HIVVL.csv")
com <- data.frame(comp)
co <- Meth(com)
Error in `[.data.frame`(data, , meth) : undefined columns selected

com的印刷品看起来像这样的东西

    Abbot  Qiagen
1   66000   66057
2   40273   73376
3   13818   14684
4   53328  195509
5    8369   25000
6   89833  290000 
7     116     219

Answer 1

您是否阅读过?Meth？它正在您的数据中查找名为meth和item的列，这些列不存在（请参阅下面的示例）。

此外，步骤com <- data.frame(comp)与com <- comp没有任何不同。 read.csv已经返回data.frame。

d <- data.frame(x=1:10, y=1:10)

Meth(d)
# Error in `[.data.frame`(data, , meth) : undefined columns selected

Meth(d, meth='x')
# Error in `[.data.frame`(data, , item) : undefined columns selected

Meth(d, meth='x', item='y')
# The following variables from the dataframe
# "d" are used as the Meth variables:
# meth: x 
# item: y  
#    y: y 
#        #Replicates
# Method          1 #Items #Obs: 10 Values:  min med max
#     1           1      1        1            1   1   1
#     2           1      1        1            2   2   2
#     3           1      1        1            3   3   3
#     4           1      1        1            4   4   4
#     5           1      1        1            5   5   5
#     6           1      1        1            6   6   6
#     7           1      1        1            7   7   7
#     8           1      1        1            8   8   8
#     9           1      1        1            9   9   9
#     10          1      1        1           10  10  10

使用R执行平淡的altman分析的最佳方法

1 个答案: