Question

我有一个字典看起来像这样，DNA是关键，质量价值是值：

{'TTTGTTCTTTTTGTAATGGGGCCAGATGTCACTCATTCCACATGTAGTATCCAGATTGAAATGAAATGAGGTAGAACTGACCCAGGCTGGACAAGGAAGG\n':
   'eeeecdddddaaa`]eceeeddY\\cQ]V[F\\\\TZT_b^[^]Z_Z]ac_ccd^\\dcbc\\TaYcbTTZSb]Y]X_bZ\\a^^\\S[T\\aaacccBBBBBBBBBB\n',
 'ACTTATATTATGTTGACACTCAAAAATTTCAGAATTTGGAGTATTTTGAATTTCAGATTTTCTGATTAGGGATGTACCTGTACTTTTTTTTTTTTTTTTT\n':
   'dddddd\\cdddcdddcYdddd`d`dcd^dccdT`cddddddd^dddddddddd^ddadddadcd\\cda`Y`Y`b`````adcddd`ddd_dddadW`db_\n',
 'CTGCCAGCACGCTGTCACCTCTCAATAACAGTGAGTGTAATGGCCATACTCTTGATTTGGTTTTTGCCTTATGAATCAGTGGCTAAAAATATTATTTAAT\n':
   'deeee`bbcddddad\\bbbbeee\\ecYZcc^dd^ddd\\\\`]``L`ccabaVJ`MZ^aaYMbbb__PYWY]RWNUUab`Y`BBBBBBBBBBBBBBBBBBBB\n'}

我想写一个函数，这样如果我查询DNA序列，它会返回一个这个DNA序列的元组及其相应的质量值

我编写了以下函数，但它给出了一条显示list indices must be integers, not str

的错误消息

def query_sequence_id(self, dna_seq=''):
    """Overrides the query_sequence_id so that it optionally returns both the sequence and the quality values.
    If DNA sequence does not exist in the class, return a string error message"""
    list_dna = []
    for t in self.__fastqdict.keys():
        list_dna.append(t.rstrip('\n'))
    self.dna_seq = dna_seq
    if self.dna_seq in list_dna:
        return (self.dna_seq,self.__fastqdict.values()[self.dna_seq + "\n"])
    else:
        return "This DNA sequence does not exist"

所以我想要一些像我打印的东西

query_sequence_id("TTTGTTCTTTTTGTAATGGGGCCAGATGTCACTCATTCCACATGTAGTATCCAGATTGAAATGAAATGAGGTAGAACTGACCCAGGCTGGACAAGGAAGG"),

我会得到

('TTTGTTCTTTTTGTAATGGGGCCAGATGTCACTCATTCCACATGTAGTATCCAGATTGAAATGAAATGAGGTAGAACTGACCCAGGCTGGACAAGGAAGG',
 'eeeecdddddaaa`]eceeeddY\\cQ]V[F\\\\TZT_b^[^]Z_Z]ac_ccd^\\dcbc\\TaYcbTTZSb]Y]X_bZ\\a^^\\S[T\\aaacccBBBBBBBBBB')

我想删除键和值的“\ n”，但我的代码失败了。任何人都可以帮我修改我的代码吗？

Answer 1

换行符不是你的问题，虽然它们很混乱。您正尝试根据字符串索引dict.values()返回的view。这不仅不是你想要的，而且它也首先打败了使用字典的整个目的。视图是可迭代的，而不是像dicts那样的映射。只需在正常的方式中查找字典中的值：

return (self.dna_seq, self.__fastqdict[self.dna_seq + "\n"])

至于换行符，为什么不首先在构建字典时将它们删除？

Answer 2

要修改字典，您只需执行以下操作：

myNewDict = {}
for var in myDict:
  myNewDict[var.strip()] = myDict[var].strip()

Answer 3

您可以从字典的键和值中删除那些讨厌的换行符（假设您的字典存储在名为dna的变量中）：

dna = {k.rstrip(): v.rstrip() for k, v in dna.iteritems()}

消除字典中的'\ n'

3 个答案: