我正在尝试将一个本地分支合并到另一个分支。我已经对我的分支A进行了更改，并且我正在尝试合并另一个分支上的一些已提交的更改，B。为了合并，我运行了以下内容：
git checkout A
git merge B
这在我的项目的一个子目录中列出了一堆已更改的文件，并指出了少量冲突。其中三个冲突是修改/删除，其余的只是修改。我解决了所有的冲突，做了一个适当的git add / rm，并且已经提交了。但是，它使几个子目录完全未合并。尝试运行合并会导致“已经是最新”消息，但在两个分支上运行git diff会清楚地显示许多文件未合并。我想要合并的所有目录都不会被忽略。我如何获得git来完成合并？