Question

我有一些R代码，我想与办公室里的其他人分享，也可以在我们的服务器上定期运行。我们都有Windows 7桌面，服务器运行Red Hat Enterprise Linux。

我一直在浏览文档，而且我被困住了。以下所有内容都没有完成所有必要步骤，详细说明正确的文件夹结构，或者告诉我如何构建Linux软件包，或者在Linux上构建Windows软件包。

所以我的代码在git中。

$ mkdir ~/daveStuff
$ cd ~/daveStuff
$ git init
$ git remote add origin git@davez0r.co:/opt/git/daveStuff.git
$ git pull origin master

现在在我的主目录中，我有这个文件夹结构：

daveStuff
|-- DESCRIPTION
|-- R
    |-- stuff.R
|-- exec
    |-- script.R

我的描述文件如下所示：

Package: daveStuff
Type: Package
Title: What the package does (short line)
Version: 1.0
Date: 2014-02-03
Author: Who wrote it
Maintainer: Who to complain to <yourfault@somewhere.net>
Description: More about what it does (maybe more than one line)
License: What license is it under?

我在我的一台服务器上运行apache。所以我补充说：

/var/www/html/R/src/contrib/3.0/

这正确地映射到以下内容，在那里我读了我放在那里的任何文件：

http://davez0r.co/R/src/contrib/3.0/

我希望能够做到以下几点，无论是Windows还是Linux：

> install.packages("daveStuff", repos="http://davez0r.co/R", type="source")
> library(daveStuff)

所以第一步是我需要将我的库变成一个包。

$ cd ~   # one under the "daveStuff" directory
$ R CMD build daveStuff

这会创建一个zip文件：

~/daveStuff_1.0.tar.gz

现在我将该文件复制到我的存储库位置：

$ cp ~/daveStuff_1.0.tar.gz /var/www/html/R/src/contrib/3.0/

现在如果我这样：

> install.packages("daveStuff", repos="http://davez0r.co/R", type="source")

 Warning in install.packages :
   unable to access index for repository http://davez0r.co/R/src/contrib

它给了我一条错误消息，说它无法找到包。所以我创建了一个包清单：

$ cd /var/www/html/R/src/contrib # one under where I put the archive
$ Rscript -e 'tools::write_PACKAGES(".", type="source", subdirs=TRUE)'

这给了我一个PACKAGES文件：

 Package: daveStuff
 Version: 1.0
 MD5sum: 817bbfedeb218ce0331dd7108408c5e6
 NeedsCompilation: no
 Path: ./3.0

现在，当我尝试加载它时，它会起作用：

> install.packages("daveStuff", repos="http://davez0r.co/R", type="source")

未解决的问题：

我丢失了exec目录中的脚本。
- 我应该将它们包装在函数中并将它们包含在库中吗？
我应该坚持使用source套餐吗？
- 如何在Linux上制作Windows二进制包？

Answer 1

在我看来，你跳过了最后一步。

一个人需要

本地包裹（您有）
用于Linux的Tarballs和用于Windows的二进制包（不确定）
本地存储库（您已启动）
您的存储库中的元数据（您似乎错过了）

我通过一个简单的脚本在类似的设置（一些Windows，许多Linux）上工作：

#!/bin/bash

## see e.g. 
## http://cran.r-project.org/doc/manuals/R-admin.html\
##                                       #Setting-up-a-package-repository
## http://stackoverflow.com/questions/2905650/creating-a-local-cran-repository

ver=3.00

rsync -vu *tar.gz /SomeServer/R/src/contrib/
rsync -vu *zip    /SomeServer/R/bin/windows/contrib/${ver}/ 

cd /SomeServer/R/src/contrib/
r -e 'tools::write_PACKAGES(".", type="source")' 

cd /SomeServer/R/bin/windows/contrib/${ver}/
r -e 'tools::write_PACKAGES(".", type="win.binary")'

我在这里使用littler's r二进制文件，你也可以使用Rscript。

维护Windows和Linux的本地存储库

1 个答案: